パッケージ: rna-star (2.7.11b+dfsg-1 など)

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類似のパッケージ:

ultrafast universal RNA-seq aligner

Spliced Transcripts Alignment to a Reference (STAR) software based on a previously undescribed RNA-seq alignment algorithm that uses sequential maximum mappable seed search in uncompressed suffix arrays followed by seed clustering and stitching procedure. STAR outperforms other aligners by a factor of >50 in mapping speed, aligning to the human genome 550 million 2 × 76 bp paired-end reads per hour on a modest 12-core server, while at the same time improving alignment sensitivity and precision. In addition to unbiased de novo detection of canonical junctions, STAR can discover non-canonical splices and chimeric (fusion) transcripts, and is also capable of mapping full-length RNA sequences. Using Roche 454 sequencing of reverse transcription polymerase chain reaction amplicons, the authors experimentally validated 1960 novel intergenic splice junctions with an 80-90% success rate, corroborating the high precision of the STAR mapping strategy.

タグ: 生物学: 核酸, 分野: 生物学, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, 役割: プログラム, 目的: use::analysing, works-with::biological-sequence

その他の rna-star 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.19) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.34) [m68k, sh4, x32 以外]

dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]
dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [amd64, arm64, mips64el]

GCC 共有ライブラリ

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]
dep: libgcc1 (>= 1:3.3.1) [x32]

パッケージは利用できません

dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1) [sh4]
dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

パッケージは利用できません
dep: libgomp1 (>= 4.9) [x32]

GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

dep: libgomp1 (>= 6) [m68k, sh4, x32 以外]
dep: libhts1 (>= 1.0) [m68k, sh4, x32]

パッケージは利用できません
dep: libhts3t64 (>= 1.17) [m68k, sh4, x32 以外]

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k, sh4, x32 以外]

GNU 標準 C++ ライブラリ v3

dep: libstdc++6 (>= 4.9) [sh4]

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, x32]

rna-star のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	2.7.11b+dfsg-1+b1	3,363.4 kB	21,608.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2.7.11b+dfsg-1+b1	702.8 kB	2,572.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	2.4.2a+dfsg-1+b1	314.5 kB	691.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	2.7.11b+dfsg-1+b1	678.8 kB	3,000.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2.7.11b+dfsg-1+b1	745.0 kB	2,956.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	2.4.2a+dfsg-1	405.5 kB	734.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	2.5.2a+dfsg-2	361.0 kB	797.0 kB	[ファイル一覧]