[ ソース: ggd-utils ]
パッケージ: ggd-utils (0.0.7+ds-3 など)
programs for use in ggd
Takes a genome file and (currently) a .vcf.gz or a .bed.gz and checks that:
* a .tbi is present * the VCF has ""##fileformat=VCF" as the first line * the VCF has a #CHROM header * the chromosome are in the order specified by the genome file (and present) * the positions are sorted * the positions are <= the chromosome lengths defined in the genome file.
As a result, any new genome going into GGD will have a .genome file that will dictate the sort order and presence or absence of the 'chr' prefix for chromosomes
その他の ggd-utils 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.3.6-6~) [i386]
- dep: libc6 (>= 2.4) [arm64, i386, ppc64el 以外]
ggd-utils のダウンロード
アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
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amd64 | 0.0.7+ds-3+b6 | 1,685.4 kB | 5,273.0 kB | [ファイル一覧] |
arm64 | 0.0.7+ds-3+b6 | 1,441.3 kB | 4,860.0 kB | [ファイル一覧] |
armel | 0.0.7+ds-3+b6 | 1,470.3 kB | 4,508.0 kB | [ファイル一覧] |
armhf | 0.0.7+ds-3+b6 | 1,465.2 kB | 4,444.0 kB | [ファイル一覧] |
i386 | 0.0.7+ds-3+b6 | 1,601.7 kB | 4,482.0 kB | [ファイル一覧] |
mips64el | 0.0.7+ds-3+b6 | 1,362.7 kB | 5,335.0 kB | [ファイル一覧] |
mipsel | 0.0.7+ds-3+b6 | 1,385.8 kB | 4,987.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64el | 0.0.7+ds-3+b6 | 1,415.6 kB | 4,924.0 kB | [ファイル一覧] |
s390x | 0.0.7+ds-3+b6 | 1,545.2 kB | 5,183.0 kB | [ファイル一覧] |