Package: ggd-utils (0.0.7+ds-3 and others)

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programmi per l'uso in ggd

Accetta un file di genoma e (attualmente) un .vcf.gz o un .bed.gz e verifica che:

    * sia presente un .tbi;
    * il VCF abbia ""##fileformat=VCF" come prima riga;
    * il VCF abbia un'intestazione #CHROM;
    * i cromosomi siano nell'ordine specificato dal file del genoma (e
      presenti);
    * le posizioni siano ordinate;
    * le posizioni siano <= delle lunghezze dei cromosomi definiti nel file
      del genoma.

Come risultato, ogni nuovo genoma passato a GGD ha un file .genome che detta l'ordine di ordinamento e la presenza o assenza del prefisso "chr" per i cromosomi.

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Download ggd-utils

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	0.0.7+ds-3+b6	1,685.4 kB	5,273.0 kB	[list of files]
arm64	0.0.7+ds-3+b6	1,441.3 kB	4,860.0 kB	[list of files]
armel	0.0.7+ds-3+b6	1,470.3 kB	4,508.0 kB	[list of files]
armhf	0.0.7+ds-3+b6	1,465.2 kB	4,444.0 kB	[list of files]
i386	0.0.7+ds-3+b6	1,601.7 kB	4,482.0 kB	[list of files]
mips64el	0.0.7+ds-3+b6	1,362.7 kB	5,335.0 kB	[list of files]
mipsel	0.0.7+ds-3+b6	1,385.8 kB	4,987.0 kB	[list of files]
ppc64el	0.0.7+ds-3+b6	1,415.6 kB	4,924.0 kB	[list of files]
s390x	0.0.7+ds-3+b6	1,545.2 kB	5,183.0 kB	[list of files]