[ ソース: ggd-utils ]
パッケージ: ggd-utils (1.0.0+ds-1 など)
programs for use in ggd
Takes a genome file and (currently) a .vcf.gz or a .bed.gz and checks that:
* a .tbi is present * the VCF has ""##fileformat=VCF" as the first line * the VCF has a #CHROM header * the chromosome are in the order specified by the genome file (and present) * the positions are sorted * the positions are <= the chromosome lengths defined in the genome file.
As a result, any new genome going into GGD will have a .genome file that will dictate the sort order and presence or absence of the 'chr' prefix for chromosomes
その他の ggd-utils 関連パッケージ
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
ggd-utils のダウンロード
アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
---|---|---|---|---|
amd64 | 1.0.0+ds-1+b11 | 2,114.9 kB | 6,191.0 kB | [ファイル一覧] |
arm64 | 1.0.0+ds-1+b11 | 1,824.6 kB | 5,884.0 kB | [ファイル一覧] |
armel | 1.0.0+ds-1+b11 | 1,799.6 kB | 6,035.0 kB | [ファイル一覧] |
armhf | 1.0.0+ds-1+b11 | 1,792.7 kB | 6,035.0 kB | [ファイル一覧] |
i386 | 1.0.0+ds-1+b11 | 1,952.2 kB | 5,991.0 kB | [ファイル一覧] |
mips64el | 1.0.0+ds-1+b11 | 1,634.9 kB | 6,734.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64el | 1.0.0+ds-1+b11 | 1,813.7 kB | 6,074.0 kB | [ファイル一覧] |
riscv64 | 1.0.0+ds-1+b6 | 1,791.9 kB | 5,819.0 kB | [ファイル一覧] |
s390x | 1.0.0+ds-1+b11 | 1,922.1 kB | 6,523.0 kB | [ファイル一覧] |