Package: python3-dna-jellyfish (2.3.1-3 and others)

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Download Source Package jellyfish:

Maintainers:

Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
Shaun Jackman (QA Page)
Andreas Tille (QA Page)
Michael R. Crusoe (QA Page)
Étienne Mollier (QA Page)

External Resources:

Homepage [www.genome.umd.edu]

Similar packages:

conta i k-meri in sequenze di DNA (collegamenti Python di jellyfish)

JELLYFISH è uno strumento per contare in modo veloce ed efficiente in termini di memoria i k-meri nel DNA. Un k-mero è una sottostringa di lunghezza k, e contare le occorrenze di tutte queste sottostringhe è un passo fondamentale in molte analisi delle sequenze del DNA. JELLYFISH può contare i k-meri usando una quantità di memoria un ordine di grandezza più piccola e una velocità di un ordine di grandezza più grande di quelle degli altri pacchetti per il conteggio dei k-meri, grazie all'uso di una codifica efficiente di una tabella hash e sfruttando l'istruzione "compare-and-swap" della CPU per aumentare il parallelismo.

JELLYFISH è un programma a riga di comando che legge file FASTA e multi-FASTA contenenti sequenze di DNA. Produce in output il suo conteggio dei k-meri in formato binario, che può essere tradotto in testo intelligibile usando il comando "jellyfish dump".

Questo pacchetto contiene i collegamenti Python di jellyfish.

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linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

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dep: python3 (>= 3.12~)

Download python3-dna-jellyfish

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
arm64	2.3.1-3+b7	62.5 kB	438.0 kB	[list of files]