Paquet : python3-dna-jellyfish (2.3.1-3 et autres)

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Paquets similaires :

count k-mers in DNA sequences (Python bindings of jellyfish)

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

This package contains the Python bindings of jellyfish.

Autres paquets associés à python3-dna-jellyfish

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.38)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libjellyfish-2.0-2 (>= 2.3.1)

count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

dep: python3 (<< 3.14)

dep: python3 (>= 3.12~)

Télécharger python3-dna-jellyfish

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
arm64	2.3.1-3+b7	62,5 ko	438,0 ko	[liste des fichiers]