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Package: r-cran-ape (5.8-1) [debports]

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pacchetto GNU R per analisi su filogenesi ed evoluzione

Questo pacchetto fornisce funzioni per leggere, scrivere, disegnare e manipolare alberi filogenetici, analisi di dati comparativi in un'infrastruttura filogenetica, analisi di caratteri ancestrali, analisi di diversificazione e macroevoluzione, calcoli di distanze da sequenze di DNA, lettura e scrittura di sequenze nucleotidiche oltre all'importazione da BioConductor e svariati strumenti come il test di Mantel, grafici skyline generalizzati, esplorazioni grafiche di dati filogenetici (alex, trex, kronoviz), stime di tassi evolutivi assoluti e alberi in stile orologio usando lunghezze di percorsi medi e verosimiglianza con penalità, traduzione di DNA in sequenze di AA e valutazione di allineamenti di sequenze. Le stime filogenetiche possono essere fatte con i metodi NJ, BIONJ, ME, MVR, SDM e triangolare e svariati metodi gestiscono matrici di distanze non complete (NJ*, BIONJ*, MVR* e il corrispondente metodo triangolare). Alcune funzioni chiamano applicazioni esterne (PhyML, Clustal, T-Coffee, Muscle) i cui risultati vengono restituiti ad R.

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