Paquet : r-cran-ape (5.8-1) [debports]
Liens pour r-cran-ape
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Ressources externes :
- Page d'accueil [cran.r-project.org]
Paquets similaires :
paquet de GNU R pour l’analyse de phylogénie et d’évolution
Ce paquet fournit des fonctions pour lire, écrire, tracer et manipuler des arbres phylogénétiques, des analyses de données comparatives dans un environnement phylogénétique, des analyses de caractères ancestraux, des analyses de diversification et macroévolution, pour calculer des distances de séquences d’ARN, pour lire et écrire des séquences de nucléotides, ainsi que l’importation à partir de BioConductor et plusieurs outils tels que le test de Mantel, les tracés de profils d’horizon généralisés (generalized skyline plots), l’exploration graphique de données phylogénétiques (alex, trex, kronoviz), l’estimation de taux évolutionnaires absolus et des arbres similaires à des horloges utilisant les longueurs de chemin moyennes, la vraisemblance pénalisée, des arbres de datation avec des séquences contemporaines, la traduction de séquences d’ADN en séquences AA et l’évaluation d’alignements de séquences. L’estimation phylogénétique peut être faite avec les méthodes NJ, BIONJ, ME, MVR, SDM et de « triangle » ainsi que plusieurs méthodes gérant les matrices incomplètes de distance (NJ*, BIONJ*, MVR* et la « méthode du triangle » correspondante. Quelques fonctions appellent des applications externes (PhyML, Clustal, T-Coffee, Muscle) dent les résultats sont renvoyés dans R.
Autres paquets associés à r-cran-ape
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- dep: libc6 (>= 2.29)
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
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- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1)
- bibliothèque de prise en charge de GCC
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- dep: liblapack3
- bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée
- ou liblapack.so.3
- paquet virtuel fourni par libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- bibliothèque standard C++ de GNU v3
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- dep: r-api-4.0
- paquet virtuel fourni par r-base-core
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- dep: r-cran-digest
- GNU R package for 'hash digest' of R data structures
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- dep: r-cran-lattice
- paquet GNU R pour les graphes « Trellis »
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- dep: r-cran-nlme
- paquet de GNU R pour les modèles mixtes (non)linéaires
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- dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.0)
- GNU R package for Seamless R and C++ Integration
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- rec: r-cran-phangorn
- GNU R package for phylogenetic analysis
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- sug: clustalw
- alignement de séquences de nucléotides ou de peptides
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- sug: muscle
- programme d'alignements multiples de séquences de protéine
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- sug: phyml
- estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale
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- sug: r-cran-expm
- GNU R Computation of the matrix exponential and related quantities
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- sug: r-cran-gee
- Generalized Estimation Equation Solver
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- sug: r-cran-igraph
- analyse et visualisation de réseau avec GNU R
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- sug: t-coffee
- alignement multiple de séquences
Télécharger r-cran-ape
| Architecture | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
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| m68k (portage non officiel) | 2 831,6 ko | 3 644,0 ko | [liste des fichiers] |