Package: sortmerna (2.1-5)
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External Resources:
- Homepage [bioinfo.lifl.fr]
Similar packages:
strumento per filtraggio, mappatura e scelta di OTU per letture NGS
SortMeRNA è uno strumento per analisi di sequenze biologiche per filtrare, mappare e scegliere OTU per letture NGS. L'algoritmo centrale è basato su seed approssimati e permette analisi veloci e sensibili di sequenze nucleotidiche. L'applicazione principale di SortMeRNA è filtrare rRNA da dati di metatrascrittomica. Applicazioni aggiuntive includono la scelta di OTU e assegnamenti tassonomici disponibili attraverso QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1). SortMeRNA prende come input un file di letture (in formato fasta o fastq) e uno o più file di database di rRNA, e suddivide gli rRNA e le letture scartate in due file specificati dall'utente. Opzionalmente può fornire allineamenti locali di alta qualità di letture rRNA rispetto al database di rRNA. SortMeRNA funziona con dati Illumina, 454, Ion Torrent e PacBio, e può produrre allineamenti SAM e simili a BLAST.
Other Packages Related to sortmerna
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- dep: libc6 (>= 2.29)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64]
- libreria di supporto a GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]
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- dep: libgomp1 (>= 6)
- libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- libreria GNU Standard C++, versione 3
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- dep: sse2-support [i386]
- previene l'installazione su processori senza le istruzioni richieste
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- rec: python3
- linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)
Download sortmerna
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| amd64 | 5,335.7 kB | 47,219.0 kB | [list of files] |
| i386 | 5,340.3 kB | 47,257.0 kB | [list of files] |