Paquet : sortmerna (2.1-5)

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Paquets similaires :

tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads

SortMeRNA is a biological sequence analysis tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads. The core algorithm is based on approximate seeds and allows for fast and sensitive analyses of nucleotide sequences. The main application of SortMeRNA is filtering rRNA from metatranscriptomic data. Additional applications include OTU-picking and taxonomy assignation available through QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1). SortMeRNA takes as input a file of reads (fasta or fastq format) and one or multiple rRNA database file(s), and sorts apart rRNA and rejected reads into two files specified by the user. Optionally, it can provide high quality local alignments of rRNA reads against the rRNA database. SortMeRNA works with Illumina, 454, Ion Torrent and PacBio data, and can produce SAM and BLAST-like alignments.

Autres paquets associés à sortmerna

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]
dep: libgomp1 (>= 6)

bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: sse2-support [i386]

prevent installation on processors without required instructions

rec: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

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Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	5 335,7 ko	47 219,0 ko	[liste des fichiers]
i386	5 340,3 ko	47 257,0 ko	[liste des fichiers]