Package: soapaligner (2.20-5)

allineatore di letture corte di sequenziatori di prossima generazione

Questo pacchetto affronta un problema comune della bioinformatica che è ora diventato di routine anche nella ricerca clinica: l'assemblaggio e il confronto di sequenze molto lunghe di DNA genomico da molte letture corte che la macchina fornisce.

SOAPaligner/soap2 fa parte del Short Oligonucleotide Analysis Package (SOAP) ed è una versione aggiornata del software SOAP per l'allineamento di oligonucleotidi corti (soap v1). Il nuovo programma fornisce un allineamento super-veloce ed accurato per enormi quantità di letture corte generate da Illumina/Solexa Genome Analyzer. In confronto a soap v1, è di un ordine di grandezza più veloce. Richiede solo 2 minuti per allineare un milione di letture a terminale singolo sul genoma umano di riferimento. Un altro miglioramento notevole di SOAPaligner è che ora supporta una vasta gamma di lunghezze delle letture.

SOAPaligner/soap2 ha beneficiato in termini di efficienza nel tempo e nello spazio di una rivoluzione nelle strutture dati di base e negli algoritmi utilizzati. Gli algoritmi centrali e le strutture dati di indicizzazione (2way-BWT) sono sviluppati dal gruppo di ricerca sugli algoritmi del Department of Computer Science dell'University of Hong Kong (T.W. Lam, Alan Tam, Simon Wong, Edward Wu e S.M. Yiu).

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