Package: soapaligner (2.20-5)

Sammenligning af korte læsninger for næste generations sekvensere

Denne pakke adresserer en fælles problem i bioinformatik, som er blevet rutine nu også i klinisk forskning: samlingen og sammenligningen af de meget lange genom-DNA-sekvenser fra mange korte læsninger, som maskinerne tilbyder.

SOAPaligner/soap2 er et medlem af Short Oligonucleotide Analysis Package (SOAP) og en opdateret version af SOAP-programmet for short oligonucleotide alignment (soap v1). Det nye program har super hurtig og præcis sammenligning for store mængder af korte læsninger oprettet af Illumina/Solexa Genome Analyzer. Sammenlignet med soap v1, er den en størrelsesorden hurtigere. Den kræver kun 2 minutter til at sammenligne en million single-end-læsninger i det menneskelige referencegenom. En anden imponerende forbedring af SOAPaligner er, at den nu understøtter en bred vifte af læselængder.

SOAPaligner/soap2 har haft fordel i form af tid og pladseffektivitet via en revolution i de grundlæggende datastrukturer og algoritmer anvendt. Grundalgoritmerne og de indekserende datastrukturer (2way-BWT) er udviklet af algoritmeforskningsgruppen hos Department of Computer Science, University of Hong Kong (T.W. Lam, Alan Tam, Simon Wong, Edward Wu og S.M. Yiu).

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):