Package: python3-pybigwig (0.3.17-1 and others)

modulo Python 3 per veloce accesso a file bigBed e bigWig

Questa è un'estensione per Python, scritta in C, per un accesso veloce a file bigBed e accesso e creazione per file bigWig.

Il formato bigWig è stato originariamente creato nel contesto dei navigatori di genoma. In quel contesto, calcolare statistiche riassuntive esatte per un dato intervallo è meno importante di essere velocemente in grado di calcolare una statistica approssimata. Per questo motivo i file bigWig non contengono solamente associazioni intervallo-valore, ma anche "somma di valori", "somma di valori quadrati", "valore minimo", "valore massimo", "numero di basi coperte" per gruppi di dimensione identica di varie dimensioni. Queste diverse dimensioni vengono chiamate "livelli di zoom". Il più piccolo livello di zoom ha gruppi che sono 16 volte la dimensione media di intervallo nel file e ogni successivo livello di zoom ha gruppi 4 volte più grandi del precedente. Questa metodologia è utilizzata negli strumenti di Kent e, perciò, probabilmente usata in quasi ogni file bigWig attualmente esistente.

Quando un file bigWig è interrogato per ottenere una statistica riassuntiva, la dimensione dell'intervallo viene utilizzata per determinare se usare un livello di zoom e, in tal caso, quale. Il livello di zoom ottimale è quello che ha i gruppi più grandi non più della metà della ampiezza dell'intervallo desiderato. Se non esiste un tale livello di zoom, vengono invece utilizzati gli intervalli originali per il calcolo.

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