Package: python3-pybigwig (0.3.17-1 and others)

Python 3-modul for hurtig adgang til bigBed- og bigWig-filer

Dette er en Pythonudvidelse, skrevet i C, for hurtig adgang til bigBed-filer og adgang til og oprettelse af bigWig-filer.

Formatet bigWig blev oprindelig oprettet i konteksten for genombrowsere. Hvor beregning af præcis summeret statistik for et givent interval er mindre vigtig end hurtigt at kunne beregne en tilnærmelsesvis statistik. På grund af dette indeholder bigWig-filerne ikke kun interval-værdi associationer, men også »sum af værdier«/»sum af firkantede værdier«/»minimum værdi«/»maksimal værdi«/»antallet af baser dækket« for kasser i ens størrelsesforhold men forskellige størrelser. Disse forskellige størrelser refereres som »zoomniveauer«. Det mindste zoomniveau har kasser der er 16 gange gennemsnitsintervalstørrelsen i filen og hver efterfølgende zoomniveau har kasser 4 gange større end den forrige. Dette metode bruges i Kents værktøjer og bruges derfor sandsynligvis i næsten alle nuværende bigWig-filer.

Når en bigWig-fil forespørges om en summeret statistik, bruges størrelsen for intervallet til at bestemme om der skal bruges et zoomniveau og, hvis ja, hvilket. Det optimale zoomniveau er det med de største kasser ikke større end halvdelen af bredden for det ønskede interval. Hvis intet sådant zoomniveau findes, så bruges de oprindelige intervaller i stedet for beregningen.

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):