[ Source: parsnp ]
Package: parsnp (1.7.4+dfsg-2)
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- Homepage [harvest.readthedocs.org]
Similar packages:
allineamenti multipli rapidi del genoma fondamentale
Parsnp è stato progettato per allineare il genoma fondamentale da centinaia a migliaia di genomi batterici entro pochi minuti o poche ore. L'input può essere sia assemblaggi in bozza, sia genomi finiti, e l'output include identificazione di varianti (SNP), filogenia del genoma fondamentale e allineamenti multipli. Parsnp sfrutta le informazioni contestuali fornite dagli allineamenti multipli intorno ai siti SNP per filtraggio/pulizia, in aggiunta agli strumenti esistenti per rilevamento/filtraggio di ricombinazioni e ricostruzione filogenetica.
Other Packages Related to parsnp
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- dep: fasttree
- phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
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- dep: harvest-tools
- archiviazione e post-elaborazione per allineamenti multipli genomici con riferimenti compressi
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf]
- libreria di supporto a GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)
-
- dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)
- libreria per allineamenti multipli di sequenze proteiche
-
- dep: libstdc++6 (>= 11)
- libreria GNU Standard C++, versione 3
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- dep: mummer
- Allineamento efficiente di sequenze di genomi completi
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- dep: phipack
- test PHI e altri test di ricombinazione
-
- dep: python3
- linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)
-
- dep: python3-biopython
- libreria Python 3 per bioinformatica
-
- dep: python3-numpy
- veloce struttura per array per il linguaggio Python 3
-
- dep: raxml
- RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) di alberi filogenetici
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- rec: python3-dendropy
- libreria di calcolo filogenetico DendroPy (Python 3)
Download parsnp
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| amd64 | 191.3 kB | 1,920.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 181.8 kB | 1,920.0 kB | [list of files] |
| armel | 175.5 kB | 1,919.0 kB | [list of files] |
| armhf | 171.7 kB | 1,855.0 kB | [list of files] |
| i386 | 194.3 kB | 1,931.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 193.9 kB | 1,994.0 kB | [list of files] |
| mipsel | 193.6 kB | 1,992.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 205.6 kB | 1,984.0 kB | [list of files] |
| s390x | 175.4 kB | 1,920.0 kB | [list of files] |