[ Source: mash ]
Package: mash (2.3+dfsg-3 and others)
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External Resources:
- Homepage [mash.readthedocs.io]
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veloce stima di distanze in genoma e metagenoma usando MinHash
Mash usa gli hash MinHash sensibili localmente per ridurre grandi biosequenze in sketch rappresentativi e stimare rapidamente le distanze di coppia tra genomi o metagenomi. I database di sketch di Mash delineano in maniera efficace i confini conosciuti tra le specie, permettono la costruzione di filogenie approssimate e possono essere cercati in secondi usando genomi assemblati o risultati grezzi di sequenziamento da Illumina, Pacific Biosciences e Oxford Nanopore. Per la metagenomica, Mash scala fino a migliaia di campioni e può replicare i risultati dello Human Microbiome Project e del Global Ocean Survey in una frazione del tempo.
Other Packages Related to mash
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: libcapnp-0.9.2
- libreria C++ Cap'n Proto
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- libreria di supporto a GCC
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- dep: libgsl27 (>= 2.7.1)
- GNU Scientific Library (GSL) -- pacchetto della libreria
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- dep: libmurmurhash2 (>= 0.2)
- Portable MurmurHash Implementation
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- dep: libstdc++6 (>= 11)
- libreria GNU Standard C++, versione 3
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- libreria di compressione - runtime
Download mash
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 2.3+dfsg-3+b1 | 183.9 kB | 558.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 2.3+dfsg-3+b1 | 161.6 kB | 490.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 2.3+dfsg-3+b1 | 165.1 kB | 636.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 2.3+dfsg-3+b1 | 185.3 kB | 618.0 kB | [list of files] |
| s390x | 2.3+dfsg-3+b1 | 160.9 kB | 554.0 kB | [list of files] |