Paquet : r-bioc-genomicranges (1.56.1+dfsg-1)

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The ability to efficiently store genomic annotations and alignments is playing a central role when it comes to analyze high-throughput sequencing data (a.k.a. NGS data). The package defines general purpose containers for storing genomic intervals as well as more specialized containers for storing alignments against a reference genome.

Autres paquets associés à r-bioc-genomicranges

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enhances

dep: libc6 (>= 2.17)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: r-api-4.0

paquet virtuel fourni par r-base-core
dep: r-api-bioc-3.19

paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics
dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.50.0)

generic functions for Bioconductor
dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.40.1)

BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers
dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1)

conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers
dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1)

BioConductor S4 implementation of vectors and lists
dep: r-bioc-xvector (>= 0.44.0)

BioConductor representation and manpulation of external sequences

sug: r-bioc-annotate (>= 1.82.0)

annotations de BioConductor pour les puces à ADN
sug: r-bioc-annotationdbi (>= 1.66.0)

GNU R Annotation Database Interface pour BioConductor
sug: r-bioc-annotationhub (>= 3.12.0)

client GNU R pour accéder aux ressources d'AnnotationHub
sug: r-bioc-biobase (>= 2.64.0)

fonctions de base pour Bioconductor
sug: r-bioc-biocstyle (>= 2.32.1)

standard styles for vignettes and other Bioconductor documents
sug: r-bioc-biostrings (>= 2.72.1)

GNU R string objects representing biological sequences
sug: r-bioc-bsgenome (>= 1.72.0)

infrastructure de BioConductor pour les paquets de données de génome basés sur Biostrings
sug: r-bioc-deseq2 (>= 1.44.0)

R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis
sug: r-bioc-dexseq (>= 1.50.0)

GNU R inference of differential exon usage in RNA-Seq
sug: r-bioc-edger (>= 4.2.0)

analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R
sug: r-bioc-genomicalignments (>= 1.40.0)

BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments
sug: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.56.0)

GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations
sug: r-bioc-gviz (>= 1.48.0)

Plotting data and annotation information along genomic coordinates
sug: r-bioc-keggrest (>= 1.44.1)

GNU R client-side REST access to KEGG
sug: r-bioc-rsamtools (>= 2.20.0)

importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R
sug: r-bioc-rtracklayer (>= 1.64.0)

GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks
sug: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.34.0)

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sug: r-bioc-variantannotation (>= 1.50.0)

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GNU R package for 'hash digest' of R data structures
sug: r-cran-knitr

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sug: r-cran-rmarkdown

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