Paquet : tiddit (2.12.0+dfsg-3 et autres)

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Paquets similaires :

structural variant calling

TIDDIT is a tool to used to identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data. TIDDIT identifies intra and inter- chromosomal translocations, deletions, tandem-duplications and inversions, using supplementary alignments as well as discordant pairs.

TIDDIT has two analysis modules. The sv mode, which is used to search for structural variants. And the cov mode that analyse the read depth of a bam file and generates a coverage report.

Autres paquets associés à tiddit

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)

bibliothèque dynamique de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)
dep: libc6 (>= 2.4)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libstdc++6 (>= 9)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

dep: python3 (<< 3.10)

dep: python3 (>= 3.9~)

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
i386	2.12.0+dfsg-3+b1	239,5 ko	1 019,0 ko	[liste des fichiers]