Paket: tiddit (2.12.0+dfsg-3 und andere)

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Externe Ressourcen:

Homepage [github.com]

structural variant calling

TIDDIT is a tool to used to identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data. TIDDIT identifies intra and inter- chromosomal translocations, deletions, tandem-duplications and inversions, using supplementary alignments as well as discordant pairs.

TIDDIT has two analysis modules. The sv mode, which is used to search for structural variants. And the cov mode that analyse the read depth of a bam file and generates a coverage report.

Andere Pakete mit Bezug zu tiddit

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)

dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
dep: libc6 (>= 2.4)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

GCC Support-Bibliothek
dep: libstdc++6 (>= 9)

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
dep: python3

Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python3-Standardversion)

dep: python3 (<< 3.10)

dep: python3 (>= 3.9~)

tiddit herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
i386	2.12.0+dfsg-3+b1	239,5 kB	1.019,0 kB	[Liste der Dateien]