Paquet : bitseq (0.7.5+dfsg-5)

Liens pour bitseq

Ressources Debian :

Télécharger le paquet source bitseq :

Responsables :

Ressources externes :

Page d'accueil [github.com]

Paquets similaires :

inférence bayésienne de transcripts à partir de données de séquençage

BitSeq est une application pour inférer des niveaux d’expression de transcripts individuels depuis des données de séquençage (RNA-Seq) et pour estimer l’expression différentielle (DE) entre des « conditions ». Un avantage de cette approche est la capacité d’expliquer l’incertitude technique et la variance biologique pour éviter de faux appels DE. La contribution technique à l’incertitude vient depuis la profondeur de lecture finie et la correspondance potentiellement ambiguë de lectures depuis plusieurs transcripts.

Autres paquets associés à bitseq

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.23)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, i386, mipsel, s390x]

Paquet indisponible

dep: libgcc1 (>= 1:3.4.4) [ppc64el]

dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [arm64, mips64el]
dep: libgomp1 (>= 6)

bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: python3-numpy

gestion rapide des tableaux avec le langage Python 3
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

Bibliothèque de compression - binaires

sug: samtools

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

Télécharger bitseq

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	339,9 ko	1 875,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	299,7 ko	1 651,0 ko	[liste des fichiers]
armel	282,5 ko	1 522,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	288,6 ko	1 106,0 ko	[liste des fichiers]
i386	358,3 ko	1 906,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	329,5 ko	2 194,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	330,5 ko	2 052,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	339,9 ko	2 407,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	299,3 ko	1 887,0 ko	[liste des fichiers]