Paquet : bitseq (0.7.5+dfsg-6 et autres)

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inférence bayésienne de transcripts à partir de données de séquençage

BitSeq est une application pour inférer des niveaux d’expression de transcripts individuels depuis des données de séquençage (RNA-Seq) et pour estimer l’expression différentielle (DE) entre des « conditions ». Un avantage de cette approche est la capacité d’expliquer l’incertitude technique et la variance biologique pour éviter de faux appels DE. La contribution technique à l’incertitude vient depuis la profondeur de lecture finie et la correspondance potentiellement ambiguë de lectures depuis plusieurs transcripts.

Autres paquets associés à bitseq

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.29) [non alpha, riscv64, sh4]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]
dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, i386, s390x, x32]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, mips64el, riscv64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgomp1 (>= 6)

bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 11) [riscv64]

bibliothèque standard C++ de GNU v3

dep: libstdc++6 (>= 11.2.0-3) [alpha]

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [non alpha, riscv64]
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: python3-numpy

gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

Bibliothèque de compression - binaires

sug: samtools

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

Télécharger bitseq

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	0.7.5+dfsg-6	363,8 ko	2 250,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	0.7.5+dfsg-6	337,2 ko	1 927,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.7.5+dfsg-6	298,0 ko	1 691,0 ko	[liste des fichiers]
armel	0.7.5+dfsg-6	282,4 ko	1 606,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	0.7.5+dfsg-6	286,8 ko	1 158,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	0.7.5+dfsg-6	311,3 ko	1 720,0 ko	[liste des fichiers]
i386	0.7.5+dfsg-6	362,5 ko	2 022,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	0.7.5+dfsg-6	317,5 ko	1 730,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	0.7.5+dfsg-6	320,9 ko	2 167,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	0.7.5+dfsg-6	344,7 ko	2 855,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	0.7.5+dfsg-6	343,5 ko	2 471,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	0.7.5+dfsg-6+b2	335,9 ko	1 440,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	0.7.5+dfsg-6	297,6 ko	1 955,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	0.7.5+dfsg-6	360,8 ko	1 651,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	0.7.5+dfsg-6	289,1 ko	1 793,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	0.7.5+dfsg-6	338,6 ko	1 766,0 ko	[liste des fichiers]