[ Paquet source : unicycler ]
Paquet : unicycler (0.5.0+dfsg-1)
Liens pour unicycler
Ressources Debian :
- Rapports de bogues
- Developer Information
- Journal des modifications Debian
- Fichier de licence
- Suivis des correctifs pour Debian
Télécharger le paquet source unicycler :
- [unicycler_0.5.0+dfsg-1.dsc]
- [unicycler_0.5.0+dfsg.orig.tar.xz]
- [unicycler_0.5.0+dfsg-1.debian.tar.xz]
Responsables :
- Debian Med Packaging Team (Page QA, Archive du courrier électronique)
- Andreas Tille (Page QA)
- Liubov Chuprikova (Page QA)
Ressources externes :
- Page d'accueil [github.com]
Paquets similaires :
pipeline d’assemblage hybride pour des génomes bactériens
Unicycler est un pipeline d’assemblage pour les génomes bactériens. Il peut assembler des ensembles de lectures uniquement Illumina où il fonctionne comme un optimiseur SPAdes. Il peut assembler des ensembles de lectures uniquement longues (PacBio ou Nanopore) où il fonctionne comme une pipeline miniasm + Racon. Pour les meilleurs assemblages possibles, si des lectures Illumina et des lectures longues lui sont fournies, il produira un assemblage hybride.
Autres paquets associés à unicycler
|
|
|
|
-
- dep: bcftools
- appel de variantes génomiques et manipulation de fichiers VCF et BCF
-
- dep: bowtie2
- aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire
-
- dep: default-jre
- Standard Java or Java compatible Runtime
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- bibliothèque de prise en charge de GCC
-
- dep: libstdc++6 (>= 11)
- bibliothèque standard C++ de GNU v3
-
- dep: miniasm
- assembleur de novo très rapide pour des lectures longues de séquences d’ADN bruitées
-
- dep: ncbi-blast+
- suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération
-
- dep: pilon
- automated genome assembly improvement and variant detection tool
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
- dep: python3 (>= 3~)
-
- dep: python3-setuptools
- Améliorations de Python3 Distutils
-
- dep: racon
- consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads
-
- dep: samtools
- traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM
-
- dep: spades (>= 3.14)
- assembleur génomique pour des ensembles de données de « single-cell » et « isolates »
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Bibliothèque de compression - binaires
-
- rec: unicycler-data
- hybrid assembly pipeline for bacterial genomes (data package)
Télécharger unicycler
| Architecture | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
|---|---|---|---|
| amd64 | 843,0 ko | 3 108,0 ko | [liste des fichiers] |