Paquet : apbs (3.4.1-5)

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Paquets similaires :

solveur adaptatif de Poisson Boltzmann

APBS est un paquet pour la résolution numérique de l'équation de Poisson-Boltzmann (PBE), un des modèles continus les plus populaires décrivant les interactions entre solutés moléculaires en milieu aqueux et salin. Le continuum électrostatique joue un rôle important dans plusieurs domaines de la simulation biomoléculaire, incluant :

 – la simulation des processus de diffusion pour déterminer les cinétiques
    de liaison ligand-protéine et protéine-protéine ;
 – la dynamique moléculaire de solvatation des biomolécules ;
 – le calcul de l'énergie de solvatation et de liaison pour déterminer
   les constantes d'équilibre de liaison ligand-protéine et
   protéine-protéine afin d'aider à la conception rationnelle de
   médicaments ;
 – les études de titration biomoléculaire.

APBS est conçu pour évaluer efficacement les propriétés électrostatiques pour de telles simulations dans un large spectre d'échelles de longueur pour permettre l'étude de molécules de dix à des millions d'atomes.

Ce paquet fournit de programme apbs et des utilitaires.

Étiquettes: Domaine: Chimie, Mis en œuvre en: C, Interface utilisateur: interface::commandline, role::program, Champ d'application: Utilitaire

Autres paquets associés à apbs

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: apbs-data (= 3.4.1-5)

fichiers de données pour APBS (solveur adaptatif de Poisson Boltzmann)
dep: libamd2 (>= 1:4.5.2)

bibliothèque de classement de degré minimal approximatif pour matrices creuses
dep: libapbs3 (= 3.4.1-5)

solveur adaptatif de Poisson Boltzmann
dep: libarpack2 (>= 2.1)

sous-routines Fortran77 pour résoudre des problèmes de valeur propre à grande échelle
dep: libblas3

implémentation de référence en algèbre linéaire de base - bibliothèque partagée

ou libblas.so.3

paquet virtuel fourni par libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
dep: libc6 (>= 2.34)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libcamd2 (>= 1:4.5.2)

bibliothèque de classement de degré minimal approximatif symétrique pour matrices creuses
dep: libccolamd2 (>= 1:4.5.2)

bibliothèque d'approximation de colonnes avec contraintes pour les matrices creuses
dep: libcholmod3 (>= 1:4.5.2)

sparse Cholesky factorization library for sparse matrices
dep: libcolamd2 (>= 1:4.5.2)

column approximate minimum degree ordering library for sparse matrices
dep: libfetk1.9 (>= 3.4.1)

FETK libraries for APBS (shared libraries)
dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
dep: libjs-mathjax

JavaScript display engine for LaTeX and MathML
dep: libmaloc1 (>= 0.2-1)

Object-oriented Abstraction Layer for C
dep: libopenmpi3 (>= 4.1.4)

high performance message passing library -- shared library
dep: libspqr2 (>= 1:5.12.0+dfsg)

sparse QR factorization library
dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: libsuitesparseconfig5 (>= 1:5.0.0)

configuration routines for all SuiteSparse modules
dep: libsuperlu5 (>= 5.3.0+dfsg1)

Direct solution of large, sparse systems of linear equations
dep: libumfpack5 (>= 1:4.5.2)

sparse LU factorization library

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	75,9 ko	364,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	74,9 ko	1 252,0 ko	[liste des fichiers]
armel	76,3 ko	1 234,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	73,2 ko	1 234,0 ko	[liste des fichiers]
i386	75,3 ko	358,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	76,6 ko	1 253,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	77,2 ko	1 236,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	80,4 ko	1 252,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	72,1 ko	311,0 ko	[liste des fichiers]