Paket: libtfbs-perl (0.7.1+ds-3 und andere)
Links für libtfbs-perl
Debian-Ressourcen:
Quellcode-Paket libtfbs-perl herunterladen:
- [libtfbs-perl_0.7.1+ds-3.dsc]
- [libtfbs-perl_0.7.1+ds.orig.tar.xz]
- [libtfbs-perl_0.7.1+ds-3.debian.tar.xz]
Betreuer:
- Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
- Steffen Moeller (QS-Seite)
- Charles Plessy (QS-Seite)
- Andreas Tille (QS-Seite)
Externe Ressourcen:
- Homepage [tfbs.genereg.net]
Ähnliche Pakete:
scanning DNA sequence with a position weight matrix
The TFBS perl modules comprise a set of routines to interact with the Transfac and Jaspar databases that describe a special family of proteins, the transcription factors. These bind to genomic DNA to initiate (or prevent) the readout of a gene. Once multiple binding sites are known for a transcription factor, these are gathered in a single file and are aligned in order to find position-specific characteristica that might be used to predict such binding events in novel DNA sequences.
If you use TFBS in your work, please cite "Lenhard B., Wasserman W.W. (2002) TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis. Bioinformatics 18:1135-1136".
Note: the TFBS perl module is no longer under active development. All the functionality can be found in the TFBSTools Bioconductor package; users are highly encouraged to switch. <http://bioconductor.org/packages/TFBSTools/>
Andere Pakete mit Bezug zu libtfbs-perl
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- dep: bioperl
- Perl-Werkzeuge für bioinformatische Anwendungen
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- GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.16) [x32]
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]
- dep: libc6 (>= 2.22) [ppc64, ppc64el]
- dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]
- dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
- dep: libc6 (>= 2.7) [armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, s390x, sparc64]
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- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
- GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]
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- dep: pdl (>= 1:2.054-1) [alpha]
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- dep: pdl (>= 1:2.085-1+b1) [nicht alpha, hppa, ia64, m68k, sh4]
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- dep: perl [alpha]
- Larry Wall's Practical Extraction und Report Language
- dep: perl (>= 5.38.2-3.2) [nicht alpha, armhf, hppa, m68k, sh4]
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- dep: perlapi-5.38.2t64 [armel, armhf, hppa, m68k, sh4, x32]
- virtuelles Paket, bereitgestellt durch perl-base
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- rec: libgd-gd2-perl
- virtuelles Paket, bereitgestellt durch libgd-perl
- oder libgd-gd2-noxpm-perl
- virtuelles Paket, bereitgestellt durch libgd-perl
libtfbs-perl herunterladen
Architektur | Version | Paketgröße | Größe (installiert) | Dateien |
---|---|---|---|---|
alpha (inoffizielle Portierung) | 0.7.1+ds-1 | 229,0 kB | 992,0 kB | [Liste der Dateien] |
amd64 | 0.7.1+ds-3 | 216,5 kB | 979,0 kB | [Liste der Dateien] |
arm64 | 0.7.1+ds-3 | 216,8 kB | 1.027,0 kB | [Liste der Dateien] |
armel | 0.7.1+ds-3 | 217,6 kB | 979,0 kB | [Liste der Dateien] |
armhf | 0.7.1+ds-3 | 215,8 kB | 975,0 kB | [Liste der Dateien] |
hppa (inoffizielle Portierung) | 0.7.1+ds-3 | 217,1 kB | 980,0 kB | [Liste der Dateien] |
i386 | 0.7.1+ds-3 | 217,1 kB | 979,0 kB | [Liste der Dateien] |
ia64 (inoffizielle Portierung) | 0.7.1+ds-3 | 218,4 kB | 985,0 kB | [Liste der Dateien] |
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mips64el | 0.7.1+ds-3 | 216,6 kB | 1.028,0 kB | [Liste der Dateien] |
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riscv64 | 0.7.1+ds-3 | 217,0 kB | 975,0 kB | [Liste der Dateien] |
s390x | 0.7.1+ds-3 | 216,8 kB | 979,0 kB | [Liste der Dateien] |
sh4 (inoffizielle Portierung) | 0.7.1+ds-3 | 216,8 kB | 1.027,0 kB | [Liste der Dateien] |
sparc64 (inoffizielle Portierung) | 0.7.1+ds-3 | 216,6 kB | 1.989,0 kB | [Liste der Dateien] |
x32 (inoffizielle Portierung) | 0.7.1+ds-3 | 216,4 kB | 979,0 kB | [Liste der Dateien] |