Paket: vg (1.30.0+ds-1 und andere)

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Werkzeuge zum Arbeiten mit Genom-Variationsgraphen

Datenstrukturen für Variationsgraphen, Austauschformate, Alignment, Genotypisierung und Methoden zum Aufrufen von Varianten

Variationsgraphen liefern eine prägnante Codierung der Sequenzen vieler Genome. Ein Variationsgraph (insbesondere wie in vg implementiert) besteht aus:

 - Knoten, die durch Sequenzen und IDs gekennzeichnet sind
 - Kanten, die zwei Knoten über eines ihrer jeweiligen Enden verbinden
 - Pfade, die Genome, Sequenzalignments und Annotationen (wie Genmodelle
   und Transkripte) als Spaziergänge (walks) durch Knoten, die durch
   Kanten verbunden sind, beschreiben
 .

Dieses Modell ähnelt einer Reihe von Sequenzdiagrammen, die beim Zusammenbau und beim Alignment mehrerer Sequenzen verwendet wurden. Pfade stellen Koordinatensysteme relativ zu den im Diagramm codierten Genomen bereit, sodass stabile Zuordnungen erstellt werden können, selbst wenn die Struktur des Graphen geändert wird.

Andere Pakete mit Bezug zu vg

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libatomic1 (>= 4.8)

Hilfsbibliothek, die atomare (__atomic) Built-in-Funktionen zur Verfügung stellt
dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

C++-Bibliothek für Programmoptionen
dep: libc6 (>= 2.29)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libcairo2 (>= 1.2.4)

2D-Vektorgrafikbibliothek Cairo
dep: libdivsufsort3 (>= 2.0.1)

fast suffix array construction
dep: libdw1 (>= 0.126) [amd64]

Bibliothek zum Zugriff zur DWARF-Debuginformation
dep: libfastahack0 (>= 0.0+git20160702.bbc645f)

library for indexing and sequence extraction from FASTA files (lib)
dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

GCC Support-Bibliothek
dep: libgomp1 (>= 6)

Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)
dep: libhts3 (>= 1.10)

C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate
dep: libjansson4 (>= 2.2)

C-Bibliothek für die Codierung, Decodierung und Manipulation von JSON-Daten
dep: libjemalloc2 (>= 5.0.0)

Skalierbare, nebenläufige Mehrzweck-Implementierung von malloc(3)
dep: libraptor2-0 (>= 2.0.14)

RDF-Syntaxbibliothek Raptor 2
dep: libssw0 (>= 1.1)

fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
dep: libstdc++6 (>= 9)

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
dep: libtabixpp0 (>= 1.0.0)

C++ wrapper to tabix indexer
dep: libvcflib1 (>= 1.0.2+dfsg)

C++ library for parsing and manipulating VCF files
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

vg herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	1.30.0+ds-1+b1	47.834,9 kB	175.874,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.30.0+ds-1+b1	6.338,0 kB	33.290,0 kB	[Liste der Dateien]