Paquet : nanopolish (0.13.2-3)

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Paquets similaires :

identification de consensus pour les données de séquençage par nanopore

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Autres paquets associés à nanopolish

dépendances

recommandations

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enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [non armel, armhf, mipsel, ppc64el]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]
dep: libgomp1 (>= 6)

bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
dep: libhdf5-103-1

HDF5 C runtime files - serial version
dep: libhts3 (>= 1.10)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 9)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: perl

langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [non arm64]

Bibliothèque de compression - binaires

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [arm64]

rec: python3-biopython

Python3 library for bioinformatics
rec: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

sug: make

utilitaire pour mener la compilation
sug: perl

langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

Télécharger nanopolish

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	2 199,8 ko	9 539,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2 130,2 ko	9 334,0 ko	[liste des fichiers]
armel	2 126,7 ko	9 405,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	2 141,1 ko	8 985,0 ko	[liste des fichiers]
i386	2 247,0 ko	9 797,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2 140,4 ko	9 757,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	2 163,9 ko	9 796,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2 202,2 ko	9 795,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	2 134,3 ko	9 626,0 ko	[liste des fichiers]