Paket: lighter (1.1.2-5)

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Homepage [github.com]

fast and memory-efficient sequencing error corrector

Lighter is a fast, memory-efficient tool for correcting sequencing errors. Lighter avoids counting k-mers. Instead, it uses a pair of Bloom filters, one holding a sample of the input k-mers and the other holding k-mers likely to be correct. As long as the sampling fraction is adjusted in inverse proportion to the depth of sequencing, Bloom filter size can be held constant while maintaining near-constant accuracy. Lighter is parallelized, uses no secondary storage, and is both faster and more memory-efficient than competing approaches while achieving comparable accuracy.

Andere Pakete mit Bezug zu lighter

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6 (>= 2.29)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht armel, armhf, i386, mipsel]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
dep: libstdc++6 (>= 5)

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

lighter herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	45,6 kB	124,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	43,9 kB	116,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	43,7 kB	119,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	43,8 kB	103,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	50,5 kB	131,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	48,6 kB	131,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	52,4 kB	137,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	48,9 kB	180,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	45,4 kB	128,0 kB	[Liste der Dateien]