Paket: libtfbs-perl (0.7.1+ds-2 und andere)

Links für libtfbs-perl

Debian-Ressourcen:

Quellcode-Paket libtfbs-perl herunterladen:

Betreuer:

Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
Steffen Moeller (QS-Seite)
Charles Plessy (QS-Seite)
Andreas Tille (QS-Seite)

Externe Ressourcen:

Homepage [tfbs.genereg.net]

scanning DNA sequence with a position weight matrix

The TFBS perl modules comprise a set of routines to interact with the Transfac and Jaspar databases that describe a special family of proteins, the transcription factors. These bind to genomic DNA to initiate (or prevent) the readout of a gene. Once multiple binding sites are known for a transcription factor, these are gathered in a single file and are aligned in order to find position-specific characteristica that might be used to predict such binding events in novel DNA sequences.

If you use TFBS in your work, please cite "Lenhard B., Wasserman W.W. (2002) TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis. Bioinformatics 18:1135-1136".

Note: the TFBS perl module is no longer under active development. All the functionality can be found in the TFBSTools Bioconductor package; users are highly encouraged to switch. <http://bioconductor.org/packages/TFBSTools/>

Markierungen: Software-Entwicklung: Perl-Entwicklung, Bibliotheken, Feld: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implementiert in: C, implemented-in::perl, interface::commandline, Rolle: Entwicklungs-Bibliothek, Programm

Andere Pakete mit Bezug zu libtfbs-perl

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: bioperl

Perl-Werkzeuge für bioinformatische Anwendungen
dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

dep: libc6 (>= 2.22) [ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.7) [nicht amd64, arm64, ppc64el]
dep: libdbi-perl

Perl Database Interface (DBI)
dep: libwww-perl

Einfache und konsistente Schnittstelle zum World Wide Web
dep: pdl (>= 1:2.080-3+b1)

perl data language: Perl extensions for numerics
dep: pdlapi-20

virtuelles Paket, bereitgestellt durch pdl
dep: perl (>= 5.36.0-4)

Larry Wall's Practical Extraction und Report Language
dep: perlapi-5.36.0

virtuelles Paket, bereitgestellt durch perl-base

rec: libgd-gd2-perl

virtuelles Paket, bereitgestellt durch libgd-perl

oder libgd-gd2-noxpm-perl

virtuelles Paket, bereitgestellt durch libgd-perl

libtfbs-perl herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	0.7.1+ds-2+b2	226,2 kB	990,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	0.7.1+ds-2+b2	226,5 kB	1.038,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	0.7.1+ds-2+b2	227,4 kB	1.038,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	0.7.1+ds-2+b2	225,8 kB	1.038,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	0.7.1+ds-2+b2	226,9 kB	990,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	0.7.1+ds-2+b2	226,4 kB	1.039,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	0.7.1+ds-2+b2	226,5 kB	1.039,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	0.7.1+ds-2+b2	227,3 kB	1.038,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	0.7.1+ds-2+b2	226,3 kB	990,0 kB	[Liste der Dateien]