パッケージ: libtfbs-perl (0.7.1+ds-2 など)

libtfbs-perl に関するリンク

Debian の資源:

libtfbs-perl ソースパッケージをダウンロード:

メンテナ:

外部の資源:

ホームページ [tfbs.genereg.net]

類似のパッケージ:

scanning DNA sequence with a position weight matrix

The TFBS perl modules comprise a set of routines to interact with the Transfac and Jaspar databases that describe a special family of proteins, the transcription factors. These bind to genomic DNA to initiate (or prevent) the readout of a gene. Once multiple binding sites are known for a transcription factor, these are gathered in a single file and are aligned in order to find position-specific characteristica that might be used to predict such binding events in novel DNA sequences.

If you use TFBS in your work, please cite "Lenhard B., Wasserman W.W. (2002) TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis. Bioinformatics 18:1135-1136".

Note: the TFBS perl module is no longer under active development. All the functionality can be found in the TFBSTools Bioconductor package; users are highly encouraged to switch. <http://bioconductor.org/packages/TFBSTools/>

タグ: ソフトウェア開発: Perl での開発, ライブラリ, 分野: field::biology, field::biology:bioinformatics, 実装言語: C, implemented-in::perl, interface::commandline, 役割: 開発ライブラリ, プログラム

その他の libtfbs-perl 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: bioperl

Perl tools for computational molecular biology
dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

dep: libc6 (>= 2.22) [ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.7) [amd64, arm64, ppc64el 以外]
dep: libdbi-perl

Perl Database Interface (DBI)
dep: libwww-perl

world-wide web へのシンプルで一貫性のあるインターフェース
dep: pdl (>= 1:2.080-3+b1)

perl data language: Perl extensions for numerics
dep: pdlapi-20

以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: pdl
dep: perl (>= 5.36.0-4)

Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語
dep: perlapi-5.36.0

以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: perl-base

rec: libgd-gd2-perl

以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libgd-perl

または libgd-gd2-noxpm-perl

以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libgd-perl

libtfbs-perl のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	0.7.1+ds-2+b2	226.2 kB	990.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	0.7.1+ds-2+b2	226.5 kB	1,038.0 kB	[ファイル一覧]
armel	0.7.1+ds-2+b2	227.4 kB	1,038.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	0.7.1+ds-2+b2	225.8 kB	1,038.0 kB	[ファイル一覧]
i386	0.7.1+ds-2+b2	226.9 kB	990.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	0.7.1+ds-2+b2	226.4 kB	1,039.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	0.7.1+ds-2+b2	226.5 kB	1,039.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	0.7.1+ds-2+b2	227.3 kB	1,038.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	0.7.1+ds-2+b2	226.3 kB	990.0 kB	[ファイル一覧]