Package: mummer (3.23+dfsg-8 and others)

Effektiv sekvensjustering for hele genomer

MUMmer er et system til hurtig justering af hele genomer, uanset om det er i komplet eller udkastform. For eksempel kan MUMmer 3.0 finde alle eksakte sammenfald for 20-basepar eller længere mellem et par af 5-megabase genomer på 13,7 sekunder, med brug af 78MB hukommelse, på en stationær 2,4GHz Linux-maskine. MUMmer kan også justere genomer som ikke er komplette; den håndterer de hundrede- eller tusindevis af »contig'er« fra et »shotgun«- sekventeringsprojekt med lethed, og vil justere dem til et andet sæt af »contig'er« eller et genom med brug af NUCmer-programmet som er inkluderet i systemet. Hvis arterne er for divergerende til registrering af lighed gennem DNA-sekvensjustering, så kan PROmer-programmet danne justeringer baseret på »six-frame«-oversættelser af begge input-sekvenser.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::TODO, Supports Format: Plain Text, Works with: Need an extra tag

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):