Paket: mummer (3.23+dfsg-8 und andere)

Effizientes Sequenzalignment vollständiger Genome

MUMmer ist eine Umgebung für ein schnelles Alignment ganzer Genome, ob in endgültiger Form oder als noch unvollständiges Assembly. MUMmer 3.0 etwa findet alle exakten Übereinstimmungen von einer Länge von wenigstens 20 Basenpaaren zwischen einem Paar von 5 Megabyte Genomen in 13,7 Sekunden, mit einem Speicherbedarf von 78 MB auf einem 2,4GHz Linux Desktop-Computer. MUMmer kann auch unvollständige Genome alignen, es kann mit hunderten oder tausenden von sequenzierten Bereichen leicht umgehen, wie sie im Shotgun-Sequencing-Verfahren anfallen. Über das mitgelieferte Programm NUCmer sind Vergleiche zwischen zwei solcher Mengen von Sequenzen unterstützt. Sind die Spezies zu divergierend, dann kann das Programm PROCmer Alignments bestimmen, die auf den six-frame-Translationen beider Input-Sequenzen basieren.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c++, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: use::comparing, works-with-format::TODO, Unterstützt Formate: Reiner Text, Arbeitet mit: Benötige eine zusätzliche Markierung

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