Package: paleomix (1.3.8-1 and others)

Links for paleomix

Debian Resources:

Download Source Package paleomix:

Maintainers:

External Resources:

Homepage [geogenetics.ku.dk]

Similar packages:

Datakanaler og værktøjer til at behandle ældre og moderne HTS-data

PALEOMIX-datakanaler er et sæt af datakanaler og værktøjer designet til at hjælpe med hurtig behandling af HTS-data (High-Throughput Sequencing): BAM-datakanalen behandler de-multipleksede læsninger fra en eller flere prøver, gennem sekvensbehandling og sammenligning for at oprette BAM-sammenligningsfiler, der er nyttige i downstream-analyser; den fylogenetiske datakanal udfører genbestemmelse og filogenetisk inferens på BAM-sammenligningsfiler, enten fremstillet ved hjælp af BAM-datakanalen eller oprettet andetsteds; og Zonkey-datakanalen udfører en række analyser på lavt dækkede equine-sammenligninger for at registrere tilstedeværelsen af F1-hybrider i arkæologiske samlinger. Derudover hjælper PALEOMIX med metagenomisk analyse af ekstrakterne.

Datakanalerne er designet med gammelt DNA (aDNA) i tankerne, og inkluderer adskillige funktioner, der er specielt nyttige til analyser af gamle prøver, men kan alle også være til behandling af moderne prøver, for at sikre ensartet databehandling.

Other Packages Related to paleomix

depends

recommends

suggests

enhances

dep: adapterremoval

Hurtig adaptertrimming, identifikation og læsesammenføjning af gensekvenser
dep: bcftools

Genomisk variantkald og manipulering af VCF/BCF-filer
dep: bedtools

Programpakke med redskaber for sammenligning af arvemassefunktioner
dep: bowtie2

Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner
dep: bwa

Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)
dep: examl

Exascale Maximum Likelihood-kode (ExaML) for fylogenetisk følgeslutning
dep: mafft

Program til justering af flere aminosyrer eller nukleotide sekvenser
dep: mapdamage

tracking and quantifying damage patterns in ancient DNA sequences
dep: phylip

Programpakke for udledning af fylogenier
dep: picard-tools

Kommandolinjeværktøjer til at manipulere SAM- og BAM-filer
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: python3-coloredlogs

Farvelagt terminal for Python 3's logningsmodul
dep: python3-configargparse

Erstatning for argparse med konfigurationsfiler og miljøvariabler
dep: python3-pysam

Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3
dep: python3-ruamel.yaml

Roundtrip YAML-fortolker/udsender - Python 3-modul
dep: python3-setproctitle

Setproctitle-implementering for Python 3
dep: r-base-core

GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem
dep: radiant

Udforsk hierarkiske metagenomdata med lagkagediagrammer
dep: raxml

Randomized Axelerated Maximum Likelihood for pylogenetiske træer
dep: samtools

Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

Download paleomix

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.3.8-1	960.8 kB	2,006.0 kB	[list of files]
arm64	1.3.8-1	960.8 kB	2,006.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.3.7-3	960.8 kB	2,006.0 kB	[list of files]
riscv64 (unofficial port)	1.3.7-3	960.8 kB	2,006.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.3.7-3	960.8 kB	2,006.0 kB	[list of files]