Package: jellyfish1 (1.1.11-9 and others)
Links for jellyfish1
Debian Resources:
Download Source Package jellyfish1:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [www.cbcb.umd.edu]
Similar packages:
Tæl k-mers i DNA-sekvenser
JELLYFISH er et værktøj for hurtig, hukommelseseffektiv optælling af k-mers i DNA. En k-mer er en understreng med længden k, og optælling af forekomsterne af alle sådanne understrenge er et centralt trin i mange analyser af DNA-sekvenser. JELLYFISH kan optælle k-mers via en i størrelsesorden mindre brug af hukommelse og via en i størrelsesorden større hurtighed end andre k-mer optællingspakker ved at bruge en effektiv kodning af en hashtabel og ved at udnytte cpu-instruktionen »compare-and- swap« til at øge parallelisme.
JELLYFISH er et program for kommandolinjen, som læser FASTA- og multi- FASTA-filer indeholdende DNA-sekvenser. Den fremstiller sin k-mer- optælling i et binært format, som kan oversættes til et læsevenligt tekstformat via kommandoen »jellyfish dump«.
Dette er den seneste version af 1.x-serien af jellyfish, som bruges af nogle andre programmer, som ikke er kompatible med version 2.x, som tilbydes i pakken jellyfish.
Other Packages Related to jellyfish1
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.33) [ppc64, sparc64, x32]
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, ppc64, sparc64, x32]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not alpha, hppa, ia64, riscv64, sparc64]
- GCC støttebibliotek
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC støttebibliotek
-
- dep: libstdc++6 (>= 11) [alpha, ppc64, sparc64, x32]
- GNU Standard C++ bibliotek v3
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not alpha, ppc64, sparc64, x32]
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid
-
- enh: kraken
- Tildeling af taksonomiske etiketter til korte DNA-sekvenser
Download jellyfish1
Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
---|---|---|---|---|
alpha (unofficial port) | 1.1.11-7 | 134.2 kB | 719.0 kB | [list of files] |
amd64 | 1.1.11-9 | 129.2 kB | 651.0 kB | [list of files] |
arm64 | 1.1.11-9 | 127.3 kB | 683.0 kB | [list of files] |
hppa (unofficial port) | 1.1.11-9 | 148.8 kB | 673.0 kB | [list of files] |
ia64 (unofficial port) | 1.1.11-9 | 148.7 kB | 939.0 kB | [list of files] |
mips64el | 1.1.11-9 | 114.6 kB | 774.0 kB | [list of files] |
ppc64 (unofficial port) | 1.1.11-7 | 136.8 kB | 748.0 kB | [list of files] |
ppc64el | 1.1.11-9 | 137.3 kB | 747.0 kB | [list of files] |
riscv64 | 1.1.11-9+b1 | 122.6 kB | 584.0 kB | [list of files] |
sparc64 (unofficial port) | 1.1.11-7 | 120.6 kB | 644.0 kB | [list of files] |
x32 (unofficial port) | 1.1.11-7 | 134.5 kB | 615.0 kB | [list of files] |