Package: idba-extra (1.1.3-8 and others)
Links for idba-extra
Debian Resources:
Download Source Package idba:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
Iterativ De Bruijn Graph De Novo-kortlæserassemblere - ekstra værktøjer
IDBA står for iterative de Bruijn-grafassembler. I beregningssekvensbiologi så løser en assembler puslespillet fra store sekvensmaskiner, som har mange gigabyte med korte læsninger fra et stort genom.
Denne pakke tilbyder flere varianter af IDBA-assembleren, da de alle deler det samme kildetræ men har forskellige formål og udvikler sig over tid.
IDBA er den grundlæggende iterativ de Bruijn-grafassembler for anden generations sekvenslæsninger. IDBA-UD, en udvidelse af IDBA, er designet til at udnytte parret-slut-læsninger til at samle regioner på lav dybde og bruge progressiv dybde på config'er til at reducere fejl i regioner med høj dybde. Det er en generisk formålsassembler og specielt god til enkel-celle og metagenomiske sekvensdata. IDBA-Hybrid er en anden opdateret version af IDBA-UD, som kan gør brug af et lignende referencegenmom til at forbedre assembly-resultat. IDBA-Tran er en iterativ de Bruijn-grafassembler for RNA-seq-data.
Denne pakke indeholder ekstra værktøjer for brug af idba i specifikke situationer.
Other Packages Related to idba-extra
|
|
|
|
-
- dep: idba
- Iterativ De Bruijn Graph De Novo-kortlæserassemblere
-
- dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64]
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]
- GCC støttebibliotek
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
- dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC støttebibliotek
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)
-
- dep: libstdc++6 (>= 11) [not riscv64]
- GNU Standard C++ bibliotek v3
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid
-
- dep: python3
- Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3
Download idba-extra
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| alpha (unofficial port) | 1.1.3-8 | 397.2 kB | 3,279.0 kB | [list of files] |
| amd64 | 1.1.3-8 | 388.3 kB | 2,506.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 1.1.3-8 | 334.5 kB | 2,686.0 kB | [list of files] |
| armel | 1.1.3-8 | 309.9 kB | 2,599.0 kB | [list of files] |
| armhf | 1.1.3-8 | 318.3 kB | 1,959.0 kB | [list of files] |
| hppa (unofficial port) | 1.1.3-8 | 405.3 kB | 2,376.0 kB | [list of files] |
| i386 | 1.1.3-8 | 417.6 kB | 2,523.0 kB | [list of files] |
| ia64 (unofficial port) | 1.1.3-8 | 475.0 kB | 4,639.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 1.1.3-8 | 397.7 kB | 3,665.0 kB | [list of files] |
| ppc64 (unofficial port) | 1.1.3-8 | 395.7 kB | 3,838.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 1.1.3-8 | 400.1 kB | 3,390.0 kB | [list of files] |
| riscv64 | 1.1.3-8+b1 | 388.3 kB | 1,903.0 kB | [list of files] |
| s390x | 1.1.3-8 | 351.9 kB | 2,538.0 kB | [list of files] |
| sparc64 (unofficial port) | 1.1.3-8 | 334.5 kB | 23,737.0 kB | [list of files] |
| x32 (unofficial port) | 1.1.3-8 | 385.0 kB | 2,283.0 kB | [list of files] |