[ Source: debian-med ]
Package: med-cloud (3.3)
Links for med-cloud
Debian Resources:
Download Source Package debian-med:
Maintainers:
Similar packages:
Debian Med-bioinformatikprogrammer der kan benyttes i skyberegninger
Denne metapakke vil installere Debianpakker relateret til molekylær biologi, strukturel biologi og bioinformatik for brug i biovidenskab, som ikke afhænger af grafiske værktøjssæt og derfor kan være på systemaftryk for brug i skyberegningsklynger, hvor plads kan være begrænset.
Other Packages Related to med-cloud
|
|
|
|
-
- dep: med-config (= 3.3)
- Debian Med - generel konfigurationspakke
-
- dep: med-tasks (= 3.3)
- Debian Med-opgaver for tasksel
-
- rec: abyss
- De novo, parallel, sekvensassembler for korte læsninger
-
- rec: acedb-other
- Indhentelse af DNA- eller proteinsekvenser
-
- rec: aevol
- Digital genetisk model til at udføre evolutionseksperimenter i silico
-
- rec: alien-hunter
- Interpolated Variable Order Motifs til identificering af vandret indsamlede DNA
-
- rec: altree
- Program til at udføre fylogeni-baserede forenings- og lokaliseringsanalyse
-
- rec: amap-align
- Proteinflerjustering af sekvensudglødning
-
- rec: ampliconnoise
- Fjernelse af støj fra 454-sekvenserede PCR-amplicons
-
- rec: anfo
- Short Read Aligner/Mapper fra MPG
-
- rec: aragorn
- tRNA- og tmRNA-detektion i nukleotide sekvenser
-
- rec: arden
- Specificitetskontrol for læse sammenligninger ved anvendelse af en kunstig reference
-
- rec: autodock
- Analyse af ligand-binding til proteinstruktur
-
- rec: autodock-vina
- Dokning af små molekyler til proteiner
-
- rec: autogrid
- Beregn på forhånd liganders binding til deres receptor
-
- rec: bamtools
- Værktøjssæt for manipulering af BAM-filer - sammenligning af arvemasser
-
- rec: bedtools
- Programpakke med redskaber for sammenligning af arvemassefunktioner
-
- rec: bioperl
- Perlværktøjer til modellering af molekylær biologi
-
- rec: bioperl-run
- BioPerl-omslag: skripter
-
- rec: biosquid
- Redskaber for biologisk sekvensanalyse
-
- rec: blast2
- Tom overgangspakke for ncbi-blast+-legacy
-
- rec: bowtie
- Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner
-
- rec: bowtie2
- Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner
-
- rec: boxshade
- Pæn udskrift af flere sekvensersammenstillinger
-
- rec: bwa
- Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)
-
- rec: cain
- Simulationer af kemiske reaktioner
-
- rec: cassiopee
- Indeks- og søgeværktøj i arvemassesekvenser
-
- rec: cd-hit
- Programpakke designet til hurtigt at gruppere sekvenser
-
- rec: cdbfasta
- Constant DataBase-indekserings- og indhentelsesværktøj for multi-FASTA-filer
-
- rec: circos
- Plotprogram for visualisering af data
-
- rec: clearcut
- Ekstrem effektiv fylogenetisk trærekonstruktion
-
- rec: clonalframe
- Udledning af bakterisk mikroevolution med multilocus sekvensdata
-
- rec: clustalo
- Alment sekvenssammenligningsprogram for proteiner
-
- rec: clustalw
- Global nukleotid eller peptid sekvensjustering
-
- rec: concavity
- Forudsigelse af proteinligandbindingssteder fra struktur og bevaring
-
- rec: conservation-code
- Værktøj til bedømmelse af bevaring af proteinsekvens
-
- rec: datamash
- Statistisk værktøj for kommandolinjegrænseflader
-
- rec: dialign
- Segmentbaseret flersekvensjustering
-
- rec: dialign-tx
- Segmentbaseret flersekvensjustering
-
- rec: discosnp
- Find enkel nukleotidpolymorfisme fra rå læsning af sæt
-
- rec: disulfinder
- Cysteines disulfidbindingtilstand og forbindelsesprædiktor
-
- rec: dnaclust
- Værktøj til klyngedannelse af korte DNA-sekvenser
-
- rec: dssp
- Sekundære proteinstruktur-opgave baseret på 3D-struktur
-
- rec: embassy-domainatrix
- Ekstra EMBOSS-kommandoer til håndtering af domæneklassifikationsfil
-
- rec: embassy-domalign
- Ekstra EMBOSS-kommandoer til proteindomæne-justering
-
- rec: embassy-domsearch
- Ekstra EMBOSS-kommandoer til søgning i proteindomæner
-
- rec: emboss
- Programpakke til europæisk molekylærbiologi
-
- rec: exonerate
- generisk værktøj til parvis sekvenssammenligning
-
- rec: fastdnaml
- Værktøj for konstruktion af fylogentiske træer for DNA-sekvenser
-
- rec: fastlink
- Hurtigere version af pedigree-programmer for Linkage
-
- rec: fastqc
- Kvalitetskontrol for høj gennemløb af sekvensdata
-
- rec: fasttree
- Fylogenetiske træer fra opstillinger af nukleotid- eller proteinsekvenser
-
- rec: fastx-toolkit
- forbehandlingsværktøjer til læsning af korte FASTQ/A-nukleotider
-
- rec: fitgcp
- Tilpasning af arvemasse-dækningsdistributioner med blandingsmodeller
-
- rec: flexbar
- Fleksibel stregkode og adapterfjernelse for sekvensplatforme
-
- rec: freecontact
- Hurtig protein-kontaktprædiktor
-
- rec: gasic
- Lighedskorrektion for arvemasseoverflod
-
- rec: genometools
- Alsidigt værktøjs til arvemasseanalyse
-
- rec: gff2aplot
- Parvise justeringsplot for arvemassesekvenser i PostScript
-
- rec: gff2ps
- laver PostScript-grafisk uddata fra GFF-filer
-
- rec: giira
- RNA-Seq-drevet gen-registrering der indarbejder tvetydige læsninger
-
- rec: glam2
- Proteinmotiver med afstand fra ikke-justerede sekvenser
-
- rec: grinder
- Alsidige omics shotgun og amplikon sekventeringslæsningssimulator
-
- rec: gromacs
- Simulator af molekyldynamik med bygge- og analyseværktøjer
-
- rec: hhsuite
- Sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på HMM-HMM-sammenligning
-
- rec: hmmer
- Profilskjulte Markov-modeller for proteinsekvensanalyse
-
- rec: idba
- Iterativ De Bruijn Graph De Novo-kortlæserassemblere
-
- rec: infernal
- Logisk slutning for RNA-sekundære struktursammenligninger
-
- rec: jellyfish
- Tæl k-mers i DNA-sekvenser
-
- rec: kalign
- Global og progressiv flersekvensjustering
-
- rec: kissplice
- Detektion af diverse slags polymorfismer i RNA-sekvensdata
-
- rec: last-align
- sammenligning af biologisk sekvenser på genom-skala
-
- rec: loki
- MCMC-koblingsanalyse vedrørende generelle stamtavler
-
- rec: macs
- Modelbaseret analyse af ChIP-Seq på korte læsesekvenser
-
- rec: mafft
- Program til justering af flere aminosyrer eller nukleotide sekvenser
-
- rec: mapsembler2
- Bioinformatik målrettet programmer til samling
-
- rec: maq
- kortlægger korte, fast-længde, polymorfiske DNA-sekvenslæsninger til reference-sekvenser
-
- rec: melting
- beregn smeltepunktet for nukleinsyre-duplekser
-
- rec: minia
- Kort-læst biologisk sekvensamler
-
- rec: mipe
- Værktøjer til at gemme PCR-afledte data
-
- rec: mira-assembler
- Hel Genome Shotgun og EST Sequence Assembler
-
- rec: mlv-smile
- Find statistisk signifikante mønstre i sekvenser
-
- rec: mothur
- Programpakke for sekvensanalyse til forskning i mikrobiota
-
- rec: mrbayes
- Bayesiansk inferens for fylogeni
-
- rec: mummer
- Effektiv sekvensjustering for hele genomer
-
- rec: muscle
- Flerjusteringsprogram for proteinsekvenser
-
- rec: mustang
- Strukturel justering på flere måder af proteiner
-
- rec: ncbi-epcr
- Værktøj til at teste en DNA-sekvens for tilstedeværelsen af sekvensmærkede steder
-
- rec: ncbi-tools-bin
- NCBI-biblioteker for biologiprogrammer - tekstbaserede redskaber
-
- rec: ncoils
- Coiled coil - sekundær strukturforudsigelse
-
- rec: neobio
- Beregner opstillinger af aminosyre- og nukleotidsekvenser
-
- rec: paraclu
- Parametrisk klyngedannelse af genomiske og transkriptomfunktioner
-
- rec: parsinsert
- Påholdende Indsættelse af uklassificerede sekvenser i fylogenetiske træer
-
- rec: pdb2pqr
- Præparation af proteinstrukturer for elektrostatiske beregninger
-
- rec: perm
- Effektiv kortlægning af korte læsninger med periodiske fordelte seedninger
-
- rec: phyml
- Fylogenisk estimering der bruger maksimum lIkelihood
-
- rec: phyutility
- simple analyses or modifications on both phylogenetic trees and data matrices
-
- rec: picard-tools
- Kommandolinjeværktøjer til at manipulere SAM- og BAM-filer
-
- rec: plink
- Værktøjssæt til associationsanalyse for hele genomer
-
- rec: poa
- Partial Order Alignment for flere sekvenssammenligninger
-
- rec: prank
- Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences
-
- rec: prime-phylo
- Bayesiansk estimation af gentræer der tager højde for artstræet
-
- rec: primer3
- Værktøj til at designe flankerende, oligo-nukleotider til DNA-amplifikation
-
- rec: probabel
- Værktøjssæt for Genome-Wide Association Analysis
-
- rec: probcons
- Flersekvens-sammenstilling baseret på probabilistisk konsistens (PROBabilistic CONSistency)
-
- rec: proda
- multi-sammenligning af protein-sekvenser
-
- rec: prodigal
- Mikrobiel (bakteriel og archaeorganisme) genkonstateringsprogram
-
- rec: pynast
- alignment of short DNA sequences
-
- rec: python-biopython
- Pythonbibliotek for bioinformatikere - implementeret i Python 2
-
- rec: python-cogent
- Ramme for genomisk biologi
-
- rec: python3-biomaj3-cli
- BioMAJ-klient
-
- rec: python3-biopython
- Python library for bioinformatics (implemented in Python 3)
-
- rec: r-bioc-hilbertvis
- GNU R-pakke til at visualisere lange vektordata
-
- rec: r-cran-pvclust
- Hierarkisk klyngeopbygning med P-værdier via Multiscale Bootstrap
-
- rec: r-cran-qtl
- GNU R-pakke for genetisk markørbindingsanalyse
-
- rec: r-cran-vegan
- Fællesskabsøkologi for R
-
- rec: r-other-mott-happy.hbrem
- GNU R-pakke for finkortlægning af komplekse sygdomme
-
- rec: raster3d
- Værktøjer for oprettelse af billeder for proteiner eller andre molekyler
-
- rec: readseq
- Konvertering mellem sekvensformater
-
- rec: rnahybrid
- Hurtig og effektiv forudsigelse om microRNA-/mål-dubletter
-
- rec: rtax
- Klassifikation af sekvenslæsninger for 165 ribosomal RNA-gen
-
- rec: samtools
- Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater
-
- rec: seqan-apps
- C++-bibliotek for analyse af biologiske sekvenser
-
- rec: sibsim4
- Sammenlign udtrykte RNA-sekvenser på en DNA-skabelon
-
- rec: sigma-align
- Simpel grådig flerjustering af ikke-kodende DNA-sekvenser
-
- rec: sim4
- Værktøj for justering af cDNA og genomisk DNA
-
- rec: smalt
- Værktøj til sekvensoversættelse og sammenligning
-
- rec: snap
- Placering af gener fra DNA-sekvens med skjult Markovmodel
-
- rec: soapdenovo
- Short-read samlingsmetode til at bygge de novo-kladdesamling
-
- rec: soapdenovo2
- Short-read samlingsmetode til at bygge de novo-kladdesamling
-
- rec: squizz
- Konverteringsprogram for gentiske sekvenser og justeringer
-
- rec: sra-toolkit
- Redskaber for NCBI Sequence Read Archive
-
- rec: ssake
- Genomprogram for samling af millioner af meget korte DNA-sekvenser
-
- rec: staden-io-lib-utils
- Programmer til at manipulerer DNS-sekvensfiler
-
- rec: t-coffee
- Flersekvensjustering
-
- rec: tabix
- Generisk indeksprogram for TAB-afgrænsede arvemassepositionsfiler
-
- rec: theseus
- Overlejring af makromolekyler med brug af maksimal sandsynlighed
-
- rec: tigr-glimmer
- Gen-detektion i arkæer og bakterier
-
- rec: tophat
- Hurtig splejsningsforbindelsesoversætter for RNA-sekvenslæsninger
-
- rec: tree-puzzle
- Rekonstruktion af fylogenetiske træer gennem maksimal lighed
- or tree-ppuzzle
- Paralleliseret rekonstruktion af fylogenetiske træer gennem maksimal lighed
-
- rec: vcftools
- Samling af værktøjer til arbejdet med VCF-filer
-
- rec: velvet
- Sekvens-assembler for nukleinsyre til meget korte læsninger
-
- rec: wise
- Sammenligning af bioplymerer, såsom DNA- og protein-sekvenser
-
- rec: zalign
- Parallel lokal sammenligning af biologiske sekvenser
-
- sug: bagpipe
- Package not available
-
- sug: cufflinks
- Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq
-
- sug: embassy-phylip
- EMBOSS conversions of the programs in the phylip package
-
- sug: gmap
- Opdelt og SNP-overholdende justering for mRNA og korte læsninger
-
- sug: qiime
- Package not available
Download med-cloud
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| all | 16.6 kB | 37.0 kB | [list of files] |