all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: conservation-code  ]

Package: conservation-code (20110309.0-7)

Links for conservation-code

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package conservation-code:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Værktøj til bedømmelse af bevaring af proteinsekvens

Denne pakke indeholder score_conservation(1), et værktøj til at bedømme bevaring af proteinsekvenser.

Følgende metoder til at bedømme bevaring er implementeret:

 * sum af par
 * vægtet sum af par
 * Shannon-entropi
 * Shannon-entropi med egenskabsgruppering (Mirny and Shakhnovich 1995,
   Valdar and Thornton 2001)
 * relativ entropi med egenskabsgruppering (Williamson 1995)
 * von Neumann-entropi (Caffrey et al 2004)
 * relativ entropi (Samudrala and Wang 2006)
 * Jensen-Shannon divergens (Capra and Singh 2007)

En vinduesbaseret udvidelse, som inkorporerer den estimerede bevarelse af tilstødende aminosyrerester i scoren for hver søjle, er også inkluderet. Den vinduesbaseret tilgang kan anvendes på alle metoder til bedømmelse af bevaring.

Programmet accepterer sammenligninger i CLUSTAL- og FASTA-formaterne.

Det sekvensspecifikke resultat kan bruges som input til pakken concavity.

Bevaring er yderst prædiktiv i identifikation af katalytiske sites og aminosyrerester i nærheden af bundne ​​ligander.

Other Packages Related to conservation-code

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download conservation-code

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
all 23.1 kB113.0 kB [list of files]