[ Source: trinityrnaseq ]
Package: trinityrnaseq (2.11.0+dfsg-6)
Links for trinityrnaseq
Debian Resources:
Download Source Package trinityrnaseq:
- [trinityrnaseq_2.11.0+dfsg-6.dsc]
- [trinityrnaseq_2.11.0+dfsg.orig.tar.xz]
- [trinityrnaseq_2.11.0+dfsg-6.debian.tar.xz]
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [trinityrnaseq.github.io]
Similar packages:
RNA-Seq De novo Assembly
Trinity repræsenterer en hidtil ukendt fremgangsmåde til effektiv og robust de novo-rekonstruktion af transkriptomer fra RNA-seq-data. Trinity kombinerer tre uafhængige programmoduler: Inchworm, Chrysalis, og Butterfly, anvendt sekventielt til at behandle store mængder af RNA-seq-læsninger. Trinity partitionerer sekvensdata i mange individuelle de Bruijn-grafer, der hver repræsenterer transkriptionel kompleksitet ved et givet gen eller locus, og derefter behandler hver graf uafhængigt for at udvinde fuld længde-isoformer ved splejsning og drille aparte transkripter afledt af paraloge gener.
Other Packages Related to trinityrnaseq
|
|
|
|
-
- dep: berkeley-express
- Strømkvantificering til sekventering med høj gennemløb
-
- dep: bowtie
- Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner
-
- dep: bowtie2
- Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner
-
- dep: curl
- Kommandolinjeværktøj for overførsel af data med adressesyntaks
-
- dep: default-jre-headless
- Standardjava eller Javakompatibel kørselstid - uden skærm
-
- dep: gmap
- Opdelt og SNP-overholdende justering for mRNA og korte læsninger
-
- dep: hisat2
- Grafbaseret sammenligning af korte nukleoide læsninger for mange genomer
-
- dep: jaligner
- Smith-Waterman-algoritme med Gotohs forbedring
-
- dep: jellyfish
- Tæl k-mers i DNA-sekvenser
-
- dep: kallisto
- Næsten optimal RNA-Seq-kvantificering
-
- dep: libc6 (>= 2.27)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libcommons-collections4-java
- Apache Commons Collections - Extended Collections API for Java
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- GCC støttebibliotek
-
- dep: libgetopt-java
- GNU getopt - Javaport
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)
-
- dep: libhts3 (>= 1.10)
- C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater
-
- dep: libjung-free-java
- Java Universal Network/Graph Framework
-
- dep: libstdc++6 (>= 9)
- GNU Standard C++ bibliotek v3
-
- dep: liburi-perl
- modul til at manipulere og tilgå URI-strenge
-
- dep: libwww-perl
- simpel og konsistent grænseflade til World Wide Web
-
- dep: ncbi-blast+
- Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer
-
- dep: parafly
- Parallel kommandobehandling via OpenMP
-
- dep: perl
- Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)
-
- dep: python3
- Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3
-
- dep: python3-hisat2
- Pythonskripter der følger med hisat2
-
- dep: python3-htseq
- Python 3-redskaber til høj-gennemløb læseanalyse af genomsekventeringer
-
- dep: python3-numpy
- Hurtig tabelfacilitet til Python 3-sproget
-
- dep: r-base-core
- GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem
-
- dep: r-bioc-biobase
- Grundlæggende funktioner for Bioconductor
-
- dep: r-bioc-ctc
- Klynge- og trækonvertering
-
- dep: r-bioc-deseq2
- R-pakke for RNS-Seq-differentiel udtryksanalyse
-
- dep: r-bioc-dexseq
- GNU R inference of differential exon usage in RNA-Seq
-
- dep: r-bioc-edger
- Empirisk analyse af digitale gen-udtryksdata i R
-
- dep: r-bioc-goseq
- GNU r-genontologianalyseprogram for RNA-seq og andre længdeforstyrrede data
-
- dep: r-bioc-qvalue
- GNU R-pakke for Q-værdiestimering for FDR-kontrol
-
- dep: r-bioc-rots
- GNU R-reproducerbarhedsoptimeret teststatistik
-
- dep: r-bioc-tximport
- Estimater på transkriptniveau for biologisk sekventering
-
- dep: r-cran-ape
- GNU R-pakke for Analyses of Phylogenetics and Evolution
-
- dep: r-cran-argparse
- GNU R-kommandolinjefortolker for valgfrie og positionelle argumenter
-
- dep: r-cran-cluster
- GNU R-pakke for klyngeanalyse af Rousseeuw et al
-
- dep: r-cran-fastcluster
- Hurtige hierarkiske klyngerutiner for GNU R
-
- dep: r-cran-goplot
- GNU R visualization of functional analysis data
-
- dep: r-cran-gplots
- GNU R-pakke med værktøjer for plot af data af Greg Warnes m.fl.
-
- dep: r-cran-readr
- GNU R package to read rectangular text data
-
- dep: rna-star
- Ultrahurtig univerel RNA-seq-sammenligningsprogram
-
- dep: rsem
- RNA-Seq ved Expectation-Maximization
-
- dep: salmon
- Wicked-hurtig transskriptkvantificering fra RNA-seq-data
-
- dep: samtools
- Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater
-
- dep: subread
- Værktøjssæt til at behandle næstegen. sekvensdata
-
- dep: transdecoder
- Find kodningsregioner i RNA-transkriptsekvenser
-
- dep: trimmomatic
- Fleksibelt værktøj til læsetrimning af Illumina NGS-data
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Komprimeringsbibliotek - kørselstid
-
- rec: picard-tools
- Kommandolinjeværktøjer til at manipulere SAM- og BAM-filer
-
- rec: r-cran-tidyverse
- Easily Install and Load the 'Tidyverse'
-
- rec: tabix
- Generisk indeksprogram for TAB-afgrænsede arvemassepositionsfiler
-
- rec: trinityrnaseq-examples
- NA-Seq De novo Assembly - fælles eksempel- og testfiler
-
- sug: collectl
- Redskab til at indsamle ydelsesdata for Linux
-
- sug: r-bioc-tximportdata
- Package not available
Download trinityrnaseq
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| amd64 | 1,622.8 kB | 7,229.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 1,567.1 kB | 7,021.0 kB | [list of files] |