Package: spades (3.13.1+dfsg-2 and others)

Links for spades

Debian Resources:

Download Source Package spades:

Maintainers:

Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
Andreas Tille (QA Page)
Sascha Steinbiss (QA Page)
Michael R. Crusoe (QA Page)
Alexandre Mestiashvili (QA Page)

External Resources:

Homepage [cab.spbu.ru]

Similar packages:

Genomsamler for single-celle- og isolates-datasæt

SPAdes - St. Petersburg-genomsamleren er lavet for både isolates- og single-celle MDA-bateriesamlinger. Den fungerer med Illumina- eller IonTorrent-læsninger og kan tilbyde hybride samlinger, der bruger PacBio- og Sangerlæsninger. Du kan også tilbyde yderligere contigs, som vil blive brugt som lange læsninger.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Implemented in: Python, User Interface: interface::commandline, role::program, Scope: Utility, Works with: works-with::biological-sequence, works-with::file

Other Packages Related to spades

depends

recommends

suggests

enhances

dep: bamtools

Værktøjssæt for manipulering af BAM-filer - sammenligning af arvemasser
dep: bwa

Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)
dep: libc6 (>= 2.29)

GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 4.0)

GCC støttebibliotek
dep: libgomp1 (>= 6)

GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)
dep: libhat-trie0

HAT-trie, an extremely efficient (space and time) modern variant of tries
dep: libnlopt0 (>= 2.6.1)

nonlinear optimization library
dep: libssw0 (>= 1.1)

fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
dep: libstdc++6 (>= 9)

GNU Standard C++ bibliotek v3
dep: python3

Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3
dep: python3-distutils

Distutils-pakke for Python 3.x
dep: python3-joblib

tools to provide lightweight pipelining in Python
dep: python3-yaml

YAML-fortolker og udleder for Python 3
dep: samtools

Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download spades

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	3.13.1+dfsg-2+b2	4,664.7 kB	22,622.0 kB	[list of files]