Package: mira-assembler (4.9.6-5 and others)

Links for mira-assembler

Debian Resources:

Download Source Package mira:

Maintainers:

Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
Charles Plessy (QA Page)
Steffen Moeller (QA Page)
Tim Booth (QA Page)
Andreas Tille (QA Page)
Thorsten Alteholz (QA Page)
Michael R. Crusoe (QA Page)

External Resources:

Homepage [sourceforge.net]

Similar packages:

Hel Genome Shotgun og EST Sequence Assembler

Mira er en specialiseret gensekvenssamler for sekvensprojekter regnet som »svære« på grund af et stort antal ensformige gentagelser. For expressed sequence tags-transskriptioner (EST'er) er miraEST specialiseret på rekonstruktion af urørte mRNA-transskriptioner mens det detekterer og klassificerer enlige nukleotidpolymorfismer (SNP), der opstår i forskellige variationer herudfra.

Sekvenssamleren bruges rutinemæssigt til forskellige opgaver såsom mutationsdetektering i forskellige celletyper, analyser af ligheder i transskriptioner mellem organismer og samling af urørte sekvenser fra forskellige kilder for oligodesign i kliniske mikroarrayeksperimenter.

Pakken tilbyder følgende kørbare filer:

 * mira: for samling af genomsekvenser
 * miramem: estimerer hukommelsen krævet af et projekt. Fungerer
   ved at lænke til mira.
 * mirabait: et »grep«-lignende værktøj til at vælge læsninger med kmerer
   op til 256 baser.
 * miraconvert: er et værktøj til at konvertere, udtrække og nogle gange
   genberegne alle slags data relateret til sekvenssamlingsfiler.

Tags: Role: Program

Other Packages Related to mira-assembler

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0)

filsystemhandlinger (flytbare stier, iteration over mappere etc.) i C++
dep: libboost-regex1.74.0-icu67

virtual package provided by libboost-regex1.74.0
dep: libboost-thread1.74.0 (>= 1.74.0)

flytbar C++-flertrådning
dep: libc6 (>= 2.29)

GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
dep: libexpat1 (>= 2.0.1)

XML-fortolkning C-bibliotek - kørselstidsbibliotek
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386, mipsel]

GCC støttebibliotek

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
dep: libgomp1 (>= 4.9)

GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

GNU Standard C++ bibliotek v3

dep: libstdc++6 (>= 9) [not armel, armhf]
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

Komprimeringsbibliotek - kørselstid

rec: mira-rfam-12s-rrna

Udtræk af RFAM 12 rRNA-databasen

sug: mira-doc

Dokumentation for Mira

Download mira-assembler

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	4.9.6-5+b1	2,399.8 kB	7,563.0 kB	[list of files]
arm64	4.9.6-5+b1	2,182.7 kB	6,527.0 kB	[list of files]
armel	4.9.6-5+b1	1,994.6 kB	6,528.0 kB	[list of files]
armhf	4.9.6-5+b1	1,984.2 kB	4,884.0 kB	[list of files]
i386	4.9.6-5+b1	2,267.9 kB	7,776.0 kB	[list of files]
mips64el	4.9.6-5+b1	2,217.0 kB	8,438.0 kB	[list of files]
mipsel	4.9.6-5+b1	2,277.4 kB	8,462.0 kB	[list of files]
ppc64el	4.9.6-5+b1	2,458.0 kB	7,839.0 kB	[list of files]
s390x	4.9.6-5+b1	1,942.6 kB	7,259.0 kB	[list of files]