all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: mira  ]

Package: mira-assembler (4.9.6-4 and others)

Links for mira-assembler

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package mira:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Hel Genome Shotgun og EST Sequence Assembler

Mira er en specialiseret gensekvenssamler for sekvensprojekter regnet som »svære« på grund af et stort antal ensformige gentagelser. For expressed sequence tags-transskriptioner (EST'er) er miraEST specialiseret på rekonstruktion af urørte mRNA-transskriptioner mens det detekterer og klassificerer enlige nukleotidpolymorfismer (SNP), der opstår i forskellige variationer herudfra.

Sekvenssamleren bruges rutinemæssigt til forskellige opgaver såsom mutationsdetektering i forskellige celletyper, analyser af ligheder i transskriptioner mellem organismer og samling af urørte sekvenser fra forskellige kilder for oligodesign i kliniske mikroarrayeksperimenter.

Pakken tilbyder følgende kørbare filer:

 * mira: for samling af genomsekvenser
 * miramem: estimerer hukommelsen krævet af et projekt. Fungerer
   ved at lænke til mira.
 * mirabait: et »grep«-lignende værktøj til at vælge læsninger med kmerer
   op til 256 baser.
 * miraconvert: er et værktøj til at konvertere, udtrække og nogle gange
   genberegne alle slags data relateret til sekvenssamlingsfiler.

Tags: Role: Program

Other Packages Related to mira-assembler

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download mira-assembler

Download for all available architectures
Architecture Version Package Size Installed Size Files
amd64 4.9.6-4+b1 2,236.4 kB7,039.0 kB [list of files]
arm64 4.9.6-4+b1 2,050.0 kB6,175.0 kB [list of files]
armhf 4.9.6-4+b1 1,830.6 kB4,568.0 kB [list of files]
i386 4.9.6-4+b1 2,153.1 kB7,272.0 kB [list of files]