all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: rsem  ]

Package: rsem (1.3.3+dfsg-1)

Links for rsem

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package rsem:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

RNA-Seq ved Expectation-Maximization

RSEM er en programpakke til at estimere gen- og isoform-udtryksniveauer fra RNA-Seq-data. Pakken RSEM tilbyder en brugervenlig grænseflade, understøtter tråde for parallel beregning af EM-algoritmen, single-end og paired-end læste data, kvalitetsbedømmelser, variabel-længde læsninger og RSPD-estimering. Derudover tilbydes posterior gennemsnit og 95 % troværdighedsintervalestimater for udtryksniveauer. For visualisering kan oprettes BAM- og Wigglefiler i både transcript-coordinate og genomic-coordinate. Genomic-coordinate-filer kan visualiseres af både UCSC-genombrowser og Broad Institutes Integrative Genomics Viewer (IGV). Transcript-coordinate-filer kan visualiseres af IGV. RSEM har også sine egne skripter til at oprette transkript-læsningsdybdeplot i pdf-format. Den unikke funktion af RSEM er at læsningsdybdeplot kan stables, med læsningsdybde bidrage til unikke læsninger vist i sort og bidrag til multi-læsninger vist i rødt. Derudover kan modeller lært fra data også visualiseres. Sidst men ikke mindst kan RSEM indeholde en simulator.

Other Packages Related to rsem

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download rsem

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
ppc64el 35,291.9 kB37,730.0 kB [list of files]