Package: rsem (1.3.3+dfsg-1)
Links for rsem
Debian Resources:
Download Source Package rsem:
Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Michael R. Crusoe (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
External Resources:
- Homepage [deweylab.github.io]
Similar packages:
RNA-Seq ved Expectation-Maximization
RSEM er en programpakke til at estimere gen- og isoform-udtryksniveauer fra RNA-Seq-data. Pakken RSEM tilbyder en brugervenlig grænseflade, understøtter tråde for parallel beregning af EM-algoritmen, single-end og paired-end læste data, kvalitetsbedømmelser, variabel-længde læsninger og RSPD-estimering. Derudover tilbydes posterior gennemsnit og 95 % troværdighedsintervalestimater for udtryksniveauer. For visualisering kan oprettes BAM- og Wigglefiler i både transcript-coordinate og genomic-coordinate. Genomic-coordinate-filer kan visualiseres af både UCSC-genombrowser og Broad Institutes Integrative Genomics Viewer (IGV). Transcript-coordinate-filer kan visualiseres af IGV. RSEM har også sine egne skripter til at oprette transkript-læsningsdybdeplot i pdf-format. Den unikke funktion af RSEM er at læsningsdybdeplot kan stables, med læsningsdybde bidrage til unikke læsninger vist i sort og bidrag til multi-læsninger vist i rødt. Derudover kan modeller lært fra data også visualiseres. Sidst men ikke mindst kan RSEM indeholde en simulator.
Other Packages Related to rsem
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.17)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4)
- GCC støttebibliotek
-
- dep: libhts3 (>= 1.10)
- C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater
-
- dep: libstdc++6 (>= 9)
- GNU Standard C++ bibliotek v3
-
- dep: perl
- Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)
-
- dep: python3
- Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3
-
- dep: r-base-core
- GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem
-
- sug: hisat2
- Grafbaseret sammenligning af korte nukleoide læsninger for mange genomer
-
- sug: r-bioc-ebseq
- R-pakke for RNS-Seq-differentiel udtryksanalyse
Download rsem
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| ppc64el | 35,291.9 kB | 37,730.0 kB | [list of files] |