all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: bowtie  ]

Package: bowtie (1.3.0+dfsg1-1)

Links for bowtie

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package bowtie:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

Denne pakke adresserer problemet med at fortolke resultaterne fra de seneste (2010) DNA-sekvensteknologier. Disse vil resultere i ret så korte stræk og disse kan ikke fortolkes direkte. Det er udfordringen for værktøjer såsom Bowtie at give en kromosonplacering til korte stræk af DNA sekventeret per kørsel.

Bowtie sammenligner korte DNA-sekvenser (læsninger) for den menneskelige arvemasse med en hastighed på mere end 25 millioner 35-bp læsninger per time. Bowtie indekserer arvemassen med et Burrows-Wheeler-indeks for at holde hukommelsesaftrykket lavt: Typisk omkring 2,2 GB for den menneskelige arvemasse (2,9 GB for paired-end).

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Science: science::calculation, scope::utility, Purpose: Analysing, use::comparing, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to bowtie

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download bowtie

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
ppc64el 1,392.5 kB8,020.0 kB [list of files]