Package: estscan (3.0.3-5)

ORF-uafhængig detektor for kodning af DNA-sekvenser

ESTScan er et program, der kan detektere kodningsregioner i DNA-sekvenser, selv hvis de er af lav kvalitet. ESTScan vil også registrere og rette sekvensfejl som fører til rammeskift. ESTScan er ikke et forudsigelsesprogram til gener, eller en åben detektor til læsningsrammer. Dets styrke ligger i, at det ikke kræver en åben læsningsramme for at registrere en kodningsregion. Det kan medføre at programmet kan overse nogle få oversatte aminosyrer som enten N- eller C-terminus, men programmet vil registrere kodningsregioner med høj selektivitet og sensitivitet.

ESTScan udnytter fordelene for bias i hexanukleotid brug fundet i kodningsregioner relativt med ikkekodningsregioner. Denne bias er formaliseret som en inhomogen 3-periodisk femte-ordens Hidden Markov Model (HMM). Derudover er HMM'en for ESTSCan blevet udvidet til at tillade indsættelser og sletninger når disse forbedrer statistik for kodningsregionen.

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):