Paquet : estscan (3.0.3-5)

détecteur indépendant du cadre de lecture ouvert pour les séquences codantes d’ADN

vESTScan est un programme capable de détecter les régions codantes dans les séquences d’ADN, même si elles sont de piètre qualité. ESTScan détecte et corrige aussi les erreurs de séquençage conduisant à des décalages du cadre de lecture. ESTScan n’est pas un programme de prédiction de gènes, ni un détecteur de lecture de cadre ouvert. Sa force tient dans le fait qu’il ne nécessite pas de cadre de lecture ouvert pour détecter une région codante. Par conséquent, le programme peut rater quelques acides aminés avec comme extrémité N ou C-terminale, mais détectera des régions codantes avec une haute sélectivité et sensibilité.

ESTScan tire profit du biais de l’utilisation d’hexanucléotide trouvé dans des régions codantes par rapport aux régions non codantes. Ce biais est formalisé par un modèle de Markov caché (MMC) non homogène du cinquième ordre de période 3. De plus, le MMC d’ESTScan a été étendu pour permettre des insertions et des suppressions quand elles permettent une amélioration des statistiques de régions codantes.

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