Package: bowtie2 (2.5.0-3 and others)

Links for bowtie2

Debian Resources:

Download Source Package bowtie2:

Maintainers:

External Resources:

Homepage [bowtie-bio.sourceforge.net]

Similar packages:

Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

Bowtie 2 er et ultrahurtigt og hukommelseseffektivt værktøj til sammenligning af sekventeringslæsninger til lange referencesekvenser. Det er især velegnet til at justere læsninger fra omkring 50'erne op til 100'erne eller tusindvis af tegn, og særligt velegnet til at tilpasse til relativt lange (f.eks pattedyrs) arvemasser.

Bowtie 2 indekserer arvemassen med et FM-indeks til at holde sin hukommelsesaftryk lavt: for den menneskelige arvemasse er dets hukommelsesaftryk typisk omkring 3,2 GB. Bowtie 2 understøtter tilpasningstilstande for gapped, lokale og parret ende (paired-end).

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, User Interface: Command Line, Role: role::program, use::comparing, Works with: Biological Sequence

Other Packages Related to bowtie2

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.34)

GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

GCC støttebibliotek
dep: libstdc++6 (>= 12)

GNU Standard C++ bibliotek v3
dep: perl

Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

Komprimeringsbibliotek - kørselstid

sug: bowtie2-examples

Eksempler for bowtie2

Download bowtie2

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
ppc64el	2.5.0-3+b2	1,427.4 kB	5,764.0 kB	[list of files]