Пакет: vcfanno (0.3.5+ds-2)
Връзки за vcfanno
Ресурси за Debian:
- Доклади за грешки
- Developer Information
- Журнал на промените в Debian
- Авторски права
- Управление на кръпките в Debian
Изтегляне на пакет-източник vcfanno.
Отговорници:
- Debian Med Packaging Team (Страница за QA, Пощенски архив)
- Andreas Tille (Страница за QA)
- Nilesh Patra (Страница за QA)
Външни препратки:
- Начална страница [github.com]
Подобни пакети:
annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files
Vcfanno allows you to quickly annotate your VCF with any number of INFO fields from any number of VCFs or BED files. It uses a simple conf file to allow the user to specify the source annotation files and fields and how they will be added to the info of the query VCF.
* For VCF, values are pulled by name from the INFO field with special cases of ID and FILTER to pull from those VCF columns. * For BED, values are pulled from (1-based) column number. * For BAM, depth (count), "mapq" and "seq" are currently supported.
Vcfanno is written in go and it supports custom user-scripts written in Lua. It can annotate more than 8000 variants per second with 34 annotations from 9 files on a modest laptop and over 30K variants per second using 12 processes on a server.
Други пакети, свързани с vcfanno
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb
Изтегляне на vcfanno
Архитектура | Големина на пакета | Големина след инсталиране | Файлове |
---|---|---|---|
amd64 | 2 249,3 кБ | 6 683,0 кБ | [списък на файловете] |
arm64 | 1 926,1 кБ | 6 367,0 кБ | [списък на файловете] |
armel | 1 923,4 кБ | 6 531,0 кБ | [списък на файловете] |
armhf | 1 915,6 кБ | 6 491,0 кБ | [списък на файловете] |
i386 | 2 071,5 кБ | 6 520,0 кБ | [списък на файловете] |
mips64el | 1 736,8 кБ | 7 410,0 кБ | [списък на файловете] |
ppc64el | 1 915,0 кБ | 6 558,0 кБ | [списък на файловете] |
riscv64 | 1 945,1 кБ | 6 439,0 кБ | [списък на файловете] |
s390x | 2 058,2 кБ | 7 111,0 кБ | [списък на файловете] |