Пакет: umis (1.0.9-1)

Връзки за umis

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник umis.

Отговорници:

Външни препратки:

Начална страница [github.com]

Подобни пакети:

tools for processing UMI RNA-tag data

Umis provides tools for estimating expression in RNA-Seq data which performs sequencing of end tags of transcript, and incorporate molecular tags to correct for amplification bias.

There are four steps in this process.

 1. Formatting reads
 2. Filtering noisy cellular barcodes
 3. Pseudo-mapping to cDNAs
 4. Counting molecular identifiers

Други пакети, свързани с umis

зависимости

препоръчани

предложени

enhances

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.4) [не arm64, ppc64el]
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

dep: python3 (<< 3.12)

dep: python3 (>= 3.11~)
dep: python3-click

Wrapper around optparse for command line utilities - Python 3.x
dep: python3-pandas

data structures for "relational" or "labeled" data
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-regex

alternative regular expression module (Python 3)
dep: python3-scipy

scientific tools for Python 3
dep: python3-toolz

List processing tools and functional utilities

sug: umis-examples

tools for processing UMI RNA-tag data (examples)

Изтегляне на umis

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
amd64	25,8 кБ	116,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	25,4 кБ	156,0 кБ	[списък на файловете]
armel	26,3 кБ	111,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	24,9 кБ	103,0 кБ	[списък на файловете]
i386	26,4 кБ	115,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	25,7 кБ	157,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	26,4 кБ	156,0 кБ	[списък на файловете]