Paketti: umis (1.0.9-1)

Links for umis

Debian-palvelut:

Imuroi lähdekoodipaketti umis:

Ylläpitäjät:

External Resources:

Kotisivu [github.com]

Samankaltaisia paketteja:

tools for processing UMI RNA-tag data

Umis provides tools for estimating expression in RNA-Seq data which performs sequencing of end tags of transcript, and incorporate molecular tags to correct for amplification bias.

There are four steps in this process.

 1. Formatting reads
 2. Filtering noisy cellular barcodes
 3. Pseudo-mapping to cDNAs
 4. Counting molecular identifiers

Muut pakettiin umis liittyvät paketit

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.4) [ei arm64, ppc64el]
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

dep: python3 (<< 3.12)

dep: python3 (>= 3.11~)
dep: python3-click

Wrapper around optparse for command line utilities - Python 3.x
dep: python3-pandas

data structures for "relational" or "labeled" data
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-regex

alternative regular expression module (Python 3)
dep: python3-scipy

scientific tools for Python 3
dep: python3-toolz

List processing tools and functional utilities

sug: umis-examples

tools for processing UMI RNA-tag data (examples)

Imuroi umis

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	25.8 kt	116.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	25.4 kt	156.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	26.3 kt	111.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	24.9 kt	103.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	26.4 kt	115.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	25.7 kt	157.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	26.4 kt	156.0 kt	[tiedostoluettelo]