Пакет: sga (0.10.15-7 и други)

Връзки за sga

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник sga.

Отговорници:

Външни препратки:

Начална страница [github.com]

Подобни пакети:

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Други пакети, свързани с sga

зависимости

препоръчани

предложени

enhances

dep: libbamtools2.4.0 [hppa, ppc64, sparc64]

Пакетът не е наличен
dep: libbamtools2.5.1 [sh4]

Пакетът не е наличен
dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [не hppa, ppc64, sh4, sparc64]

dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
dep: libc6 (>= 2.23) [hppa, ppc64, sparc64]

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.27) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64]
dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, x32]

GCC support library

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC support library
dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [ppc64]

Пакетът не е наличен

dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sh4, sparc64]
dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

Пакетът не е наличен
dep: libgomp1 (>= 4.9) [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

GCC OpenMP (GOMP) support library

dep: libgomp1 (>= 6) [не hppa, ppc64, sh4, sparc64]
dep: libstdc++6 (>= 11) [не alpha, hppa, ppc64, riscv64, sh4, sparc64]

GNU Standard C++ Library v3

dep: libstdc++6 (>= 13.1) [alpha, riscv64]

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa, ppc64, sh4, sparc64]
dep: libunwind8 [ia64]

library to determine the call-chain of a program - runtime
dep: perl [не hppa, ppc64, sh4, sparc64]

Larry Wall's Practical Extraction and Report Language
dep: python [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

Пакетът не е наличен
dep: python-pysam [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

Пакетът не е наличен
dep: python-ruffus [hppa, ppc64, sh4, sparc64]

Пакетът не е наличен
dep: python3 [не hppa, ppc64, sh4, sparc64]

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: python3-pysam [не hppa, ppc64, sh4, sparc64]

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-ruffus [не hppa, ppc64, sh4, sparc64]

Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics
dep: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

compression library - runtime

rec: abyss [не sh4]

de novo, parallel, sequence assembler for short reads

rec: abyss (>= 2.0.2-1) [sh4]

sug: abyss (>= 1.5.2-2)

de novo, parallel, sequence assembler for short reads

Изтегляне на sga

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	0.10.15-7	755,4 кБ	2 753,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	0.10.15-7+b1	812,5 кБ	2 432,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	0.10.15-7+b1	580,5 кБ	1 792,0 кБ	[списък на файловете]
armel	0.10.15-7+b1	564,3 кБ	1 727,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	0.10.15-7+b1	582,9 кБ	1 279,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	0.10.14-2	977,9 кБ	2 993,0 кБ	[списък на файловете]
i386	0.10.15-7+b1	876,3 кБ	2 607,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	0.10.15-7+b1	1 025,2 кБ	4 829,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	0.10.15-7+b1	775,3 кБ	2 407,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	0.10.15-7+b1	745,3 кБ	3 062,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	0.10.14-2	735,4 кБ	2 620,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	0.10.15-7+b1	692,6 кБ	2 304,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	0.10.15-7+b1	663,5 кБ	1 496,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	0.10.15-4	1 052,2 кБ	2 782,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	0.10.14-2	770,0 кБ	2 627,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	0.10.15-7+b1	817,2 кБ	2 291,0 кБ	[списък на файловете]