套件：bifrost（1.3.1-1）

bifrost 的相關連結

Debian 的資源：

下載原始碼套件 bifrost：

維護小組：

外部的資源：

主頁 [github.com]

相似套件：

parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

Bifrost is a command-line tool for sequencing that features a broad range of functions, such as indexing, editing, and querying the graph, and includes a graph coloring method that maps each k-mer of the graph to the genomes it occurs in.

 * Build, index, color and query the compacted de Bruijn graph
 * No need to build the uncompacted de Bruijn graph
 * Reads or assembled genomes as input
 * Output graph in GFA (can be visualized with Bandage), FASTA or binary
 * Graph cleaning: short tip clipping, etc.
 * Multi-threaded
 * No parameters to estimate with other tools
 * Exact or approximate k-mer search of queries

其他與 bifrost 有關的套件

依賴

推薦

建議

增強

dep: libbifrost0 (>= 1.3.1)

library for parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs
dep: libc6 (>= 2.34) [除 alpha, ia64]

GNU C 函式庫：共用函式庫
同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6-udeb
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU C 函式庫：共用函式庫
同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [除 alpha, ia64, riscv64, sparc64]

GCC 支援函式庫

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

GNU Standard C++ Library v3
dep: libunwind8 [ia64]

library to determine the call-chain of a program - runtime
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

壓縮函式庫 - 跑程式時用(runtime)

下載 bifrost

下載可用於所有硬體架構的
硬體架構	套件大小	安裝後大小	檔案
alpha （非官方移植版）	481。4 kB	1，305。0 kB	[檔案列表]
amd64	500。0 kB	1，222。0 kB	[檔案列表]
arm64	470。1 kB	1，173。0 kB	[檔案列表]
ia64 （非官方移植版）	563。5 kB	1，966。0 kB	[檔案列表]
mips64el	462。5 kB	1，326。0 kB	[檔案列表]
ppc64 （非官方移植版）	504。8 kB	1，366。0 kB	[檔案列表]
ppc64el	510。8 kB	1，366。0 kB	[檔案列表]
riscv64	505。7 kB	1，006。0 kB	[檔案列表]
s390x	510。2 kB	1，273。0 kB	[檔案列表]
sparc64 （非官方移植版）	468。5 kB	1，311。0 kB	[檔案列表]